38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_5005 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_5005  hypothetical protein  100 
 
 		 231 aa  459  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.667928  normal  0.181492 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  60 
 
 		 821 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  57.14 
 
 		 815 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  59.54 
 
 		 816 aa  161  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  42.34 
 
 		 879 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  34.75 
 
 		 806 aa  82  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  36.22 
 
 		 816 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  36.22 
 
 		 816 aa  78.6  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  31.36 
 
 		 806 aa  77.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  33.61 
 
 		 831 aa  75.5  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  33.61 
 
 		 830 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  33.61 
 
 		 831 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  33.61 
 
 		 831 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  37.72 
 
 		 835 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  34.78 
 
 		 805 aa  68.9  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.8 
 
 		 797 aa  68.6  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  31.93 
 
 		 831 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  31.2 
 
 		 837 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 802 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  36.43 
 
 		 827 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  34.71 
 
 		 825 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  33.88 
 
 		 843 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  33.61 
 
 		 804 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  33.33 
 
 		 831 aa  62  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  32.5 
 
 		 831 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  32.23 
 
 		 815 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  35.48 
 
 		 827 aa  60.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  31.09 
 
 		 806 aa  60.1  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  32.33 
 
 		 822 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  32.23 
 
 		 815 aa  59.7  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  31.67 
 
 		 826 aa  59.3  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  31.4 
 
 		 817 aa  58.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  34.88 
 
 		 801 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  31.4 
 
 		 812 aa  52.8  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  30.43 
 
 		 823 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  34.25 
 
 		 819 aa  45.8  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 		 799 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  28.45 
 
 		 815 aa  45.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>