More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3099 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 192 aa  400  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  61.98 
 
 		 193 aa  241  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 193 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 193 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 193 aa  235  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 193 aa  234  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 193 aa  235  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 193 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 193 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  60.94 
 
 		 193 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 193 aa  232  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 193 aa  231  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 193 aa  228  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 192 aa  206  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  53.89 
 
 		 235 aa  202  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  52.57 
 
 		 191 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  54.14 
 
 		 198 aa  191  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  28.35 
 
 		 196 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 215 aa  85.1  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  27.27 
 
 		 192 aa  84.7  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  33.15 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  32.58 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 208 aa  74.3  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  72  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 206 aa  72  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 195 aa  72  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  29.41 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 210 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  29.63 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  29.41 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  31.21 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
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