More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0656 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  71.57 
 
 
517 aa  755    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.34 
 
 
518 aa  716    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.76 
 
 
518 aa  708    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.98 
 
 
516 aa  697    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.31 
 
 
525 aa  726    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.34 
 
 
518 aa  713    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  63.99 
 
 
506 aa  648    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  72.39 
 
 
516 aa  770    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
511 aa  1047    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.23 
 
 
530 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  68.15 
 
 
517 aa  715    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.91 
 
 
508 aa  633  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.39 
 
 
512 aa  630  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.6 
 
 
511 aa  626  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.09 
 
 
530 aa  622  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  62.62 
 
 
510 aa  614  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.06 
 
 
504 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.86 
 
 
504 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  60.08 
 
 
510 aa  604  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.86 
 
 
504 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.06 
 
 
504 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.13 
 
 
504 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.01 
 
 
506 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  61.13 
 
 
504 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.13 
 
 
504 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  61.13 
 
 
504 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.01 
 
 
506 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.47 
 
 
504 aa  600  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.21 
 
 
506 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.82 
 
 
506 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.82 
 
 
506 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.58 
 
 
528 aa  502  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.94 
 
 
527 aa  500  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.88 
 
 
529 aa  487  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.41 
 
 
516 aa  482  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.33 
 
 
550 aa  479  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.72 
 
 
517 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.25 
 
 
518 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.66 
 
 
517 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.33 
 
 
517 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.22 
 
 
518 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.81 
 
 
530 aa  474  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.42 
 
 
518 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.52 
 
 
506 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.07 
 
 
516 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  52.24 
 
 
514 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.8 
 
 
530 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.77 
 
 
531 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.17 
 
 
552 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.13 
 
 
532 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.71 
 
 
523 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.78 
 
 
509 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.29 
 
 
525 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.55 
 
 
526 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.11 
 
 
529 aa  435  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  46.15 
 
 
509 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.71 
 
 
538 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.32 
 
 
511 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.32 
 
 
511 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.78 
 
 
510 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
522 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.09 
 
 
540 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.18 
 
 
512 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.09 
 
 
536 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.64 
 
 
531 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.34 
 
 
525 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.98 
 
 
522 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  42.18 
 
 
596 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  49.66 
 
 
551 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  40.6 
 
 
606 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
458 aa  287  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  35.62 
 
 
505 aa  285  1.0000000000000001e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.13 
 
 
455 aa  283  6.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.4 
 
 
608 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.4 
 
 
608 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  57.58 
 
 
551 aa  281  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  39.15 
 
 
608 aa  279  9e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  39.48 
 
 
539 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.01 
 
 
517 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.56 
 
 
537 aa  277  4e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.74 
 
 
693 aa  277  4e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  45.87 
 
 
549 aa  276  6e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.66 
 
 
543 aa  276  7e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.53 
 
 
542 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.87 
 
 
544 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  39.41 
 
 
522 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.96 
 
 
1082 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.27 
 
 
452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.44 
 
 
875 aa  274  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  39.14 
 
 
533 aa  274  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.01 
 
 
476 aa  274  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.8 
 
 
491 aa  274  3e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.69 
 
 
544 aa  274  3e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
601 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
465 aa  274  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
455 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  47.1 
 
 
508 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
515 aa  273  7e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  49.01 
 
 
664 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
458 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>