More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2878 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
727 aa  1470    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2227  Pyrrolo-quinoline quinone  44.27 
 
 
705 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  43.95 
 
 
738 aa  511  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  40.7 
 
 
721 aa  478  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  41.22 
 
 
712 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  40.96 
 
 
702 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.48 
 
 
697 aa  465  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  41.81 
 
 
726 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  40.62 
 
 
718 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  41.52 
 
 
730 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.62 
 
 
707 aa  460  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  41.88 
 
 
706 aa  462  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.63 
 
 
726 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.55 
 
 
724 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  42.09 
 
 
727 aa  451  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  40.09 
 
 
718 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  37.64 
 
 
709 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  40.5 
 
 
720 aa  444  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  40.84 
 
 
698 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  40.03 
 
 
705 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  36.13 
 
 
711 aa  395  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.35 
 
 
737 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  34.37 
 
 
690 aa  330  7e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  36.93 
 
 
554 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  33.95 
 
 
615 aa  295  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.13 
 
 
584 aa  287  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.95 
 
 
584 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  36.88 
 
 
580 aa  283  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  35.5 
 
 
607 aa  282  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  36.01 
 
 
579 aa  276  9e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.5 
 
 
595 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.7 
 
 
597 aa  276  9e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  34.32 
 
 
595 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  34.32 
 
 
595 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.27 
 
 
575 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  34.69 
 
 
601 aa  273  6e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.01 
 
 
575 aa  273  7e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  34.12 
 
 
591 aa  272  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  34.9 
 
 
575 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.9 
 
 
575 aa  271  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.44 
 
 
587 aa  270  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  33.77 
 
 
562 aa  269  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  34.83 
 
 
570 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  32.66 
 
 
600 aa  269  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  33.93 
 
 
601 aa  268  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3733  Pyrrolo-quinoline quinone  32.85 
 
 
562 aa  266  7e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33 
 
 
631 aa  266  7e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.68 
 
 
601 aa  266  8e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.94 
 
 
601 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  32.94 
 
 
600 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.63 
 
 
587 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.63 
 
 
587 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.14 
 
 
606 aa  266  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.19 
 
 
631 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  33.7 
 
 
587 aa  266  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  33.75 
 
 
601 aa  266  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  32.94 
 
 
600 aa  266  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  35.19 
 
 
631 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  35.19 
 
 
631 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.39 
 
 
599 aa  264  4e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  34.2 
 
 
561 aa  263  8e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  34.68 
 
 
580 aa  263  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  33.33 
 
 
588 aa  262  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.02 
 
 
573 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.63 
 
 
608 aa  261  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  33.02 
 
 
573 aa  261  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  33.02 
 
 
573 aa  261  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  31.89 
 
 
605 aa  260  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.05 
 
 
582 aa  260  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.53 
 
 
606 aa  259  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  34.2 
 
 
602 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  32.98 
 
 
558 aa  258  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.09 
 
 
601 aa  258  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.09 
 
 
601 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  32.78 
 
 
587 aa  258  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.7 
 
 
602 aa  258  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.13 
 
 
576 aa  258  4e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.46 
 
 
589 aa  257  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.4 
 
 
579 aa  257  7e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  34.28 
 
 
623 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.55 
 
 
601 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  34.1 
 
 
623 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.04 
 
 
588 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  33.11 
 
 
600 aa  255  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3660  putative alcohol dehydrogenase  33.7 
 
 
555 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  34.17 
 
 
620 aa  254  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  33.02 
 
 
575 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  36.4 
 
 
549 aa  254  6e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  32.14 
 
 
606 aa  252  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  32.5 
 
 
601 aa  250  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  32.45 
 
 
619 aa  249  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  32.94 
 
 
620 aa  249  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  30.49 
 
 
608 aa  248  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.79 
 
 
601 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.04 
 
 
599 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.03 
 
 
566 aa  244  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.57 
 
 
600 aa  244  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  33.95 
 
 
593 aa  244  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  31.89 
 
 
600 aa  244  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  33.03 
 
 
592 aa  242  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>