More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1590 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 276 aa  548  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  51.29 
 
 		 282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  50.92 
 
 		 282 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 282 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  48.35 
 
 		 284 aa  228  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 		 289 aa  226  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  47.62 
 
 		 284 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  51.5 
 
 		 291 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  51.36 
 
 		 284 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  51.36 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  51.36 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  51.36 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  50.97 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  50.97 
 
 		 284 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  50.58 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  51.57 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  50.71 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  50.56 
 
 		 278 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  48.87 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  49.25 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  49.41 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  46.62 
 
 		 286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  50.56 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  50.92 
 
 		 315 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 289 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  49.03 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 293 aa  205  6e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  46.32 
 
 		 289 aa  202  6e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  43.12 
 
 		 299 aa  198  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.53 
 
 		 292 aa  195  8.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  42.16 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  39.48 
 
 		 285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  39.35 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 269 aa  149  7e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.55 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 280 aa  143  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.11 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 290 aa  142  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.56 
 
 		 277 aa  139  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 		 268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.16 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 273 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 244 aa  135  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.44 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 279 aa  128  8.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 286 aa  128  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 282 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 286 aa  126  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.74 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>