204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0854 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  100 
 
 		 329 aa  654    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.97 
 
 		 330 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  57.62 
 
 		 329 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  57.32 
 
 		 329 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  57.62 
 
 		 329 aa  352  7e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  52 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.06 
 
 		 330 aa  347  1e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  57.62 
 
 		 329 aa  346  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.1 
 
 		 329 aa  345  8e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.1 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.09 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  46.25 
 
 		 335 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.31 
 
 		 326 aa  286  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.21 
 
 		 327 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  41.39 
 
 		 332 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  31.85 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  31.16 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  31.51 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  31.65 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  31.51 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  31.43 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  29.97 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.63 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  32.07 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  32.06 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  33.58 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  34.17 
 
 		 312 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  33.81 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.72 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.33 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.89 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  30.34 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.9 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.36 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  30.43 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  27.36 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  29.67 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.1 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.06 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  29.79 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  29.41 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.88 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.67 
 
 		 330 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  27.74 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  32.04 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  27.54 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  28.76 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.67 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  27.35 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  30.24 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  28.73 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  28.73 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  28.73 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.84 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  27.54 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  28.47 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.77 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  27.21 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.02 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  30.3 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  30.54 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  27.63 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  27.63 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  27.63 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  27.63 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.1 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  27.63 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  27.62 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.81 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  30.86 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  25.72 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  30.95 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.15 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.53 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.19 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.67 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  30.4 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  28 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  30.4 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  30.4 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  28 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  28 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  30.4 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.01 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.69 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.19 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.6 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.56 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  25.68 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  24.04 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.13 
 
 		 323 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.26 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.6 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  21.72 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  27.8 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  23.56 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  27.8 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  27.8 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  27.07 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>