275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1873 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 201 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  90.05 
 
 		 201 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  88.06 
 
 		 201 aa  362  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  43.3 
 
 		 199 aa  158  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 		 199 aa  157  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 		 199 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  42.78 
 
 		 223 aa  154  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 		 199 aa  151  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  42.5 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  39.49 
 
 		 200 aa  150  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  41.84 
 
 		 208 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 207 aa  148  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 		 201 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  39.49 
 
 		 202 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 202 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 202 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  40.7 
 
 		 201 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  37.56 
 
 		 200 aa  141  7e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  37.76 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  41.33 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 217 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 202 aa  118  4.9999999999999996e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  31.63 
 
 		 197 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  29.65 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 		 202 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 198 aa  95.1  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.61 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  25.44 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.43 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.91 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  29.56 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  30.16 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.77 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  25.25 
 
 		 238 aa  54.7  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 270 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 		 240 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.64 
 
 		 238 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.61 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000616439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  25.25 
 
 		 238 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.71 
 
 		 272 aa  52.8  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.87 
 
 		 258 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.58 
 
 		 245 aa  52.4  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.5 
 
 		 264 aa  51.2  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 		 237 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 		 237 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.56 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 		 237 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.17 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.883465  normal  0.897297 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.13 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 		 254 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.94 
 
 		 256 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.94 
 
 		 256 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.83 
 
 		 288 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 259 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 		 230 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.16 
 
 		 262 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 		 230 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.13 
 
 		 243 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 		 266 aa  49.3  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.11 
 
 		 237 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 		 288 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  27.66 
 
 		 248 aa  48.9  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  25 
 
 		 236 aa  48.9  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.67 
 
 		 248 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2090  short chain dehydrogenase  25.6 
 
 		 259 aa  48.9  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 293 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 254 aa  48.5  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.35 
 
 		 256 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  27.86 
 
 		 901 aa  48.1  0.00008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  27.36 
 
 		 297 aa  47.4  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.47 
 
 		 248 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.77 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.81 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.28 
 
 		 271 aa  47.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.1246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  22.8 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.11 
 
 		 287 aa  46.6  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.74 
 
 		 269 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  24.62 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>