More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1648 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
269 aa  531  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  50.37 
 
 
257 aa  248  6e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
254 aa  231  9e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
268 aa  222  4e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.21 
 
 
252 aa  221  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  47.78 
 
 
282 aa  219  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
251 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  45.93 
 
 
259 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4933  short chain dehydrogenase  41.64 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.545921 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3706  short chain dehydrogenase  42.96 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5514  cyclopentanol dehydrogenase  42.96 
 
 
264 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
251 aa  199  3e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
255 aa  198  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4559  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
262 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3720  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
262 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0906259  normal  0.2081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3804  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
262 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.101152 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
255 aa  198  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5530  short chain dehydrogenase  42.59 
 
 
262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2292  short chain dehydrogenase  42.96 
 
 
262 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295109 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
261 aa  195  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
267 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.38 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
250 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  42.38 
 
 
261 aa  189  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
248 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0524  short chain dehydrogenase  42.22 
 
 
263 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0246  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
265 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0943  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
265 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2511  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
267 aa  185  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
244 aa  186  5e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1430  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
265 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0283  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
259 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.879782  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
252 aa  185  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2649  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
259 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1627  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
259 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  41.57 
 
 
243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.62 
 
 
258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
254 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161777  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
255 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
252 aa  180  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
248 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.49 
 
 
244 aa  179  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
248 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
254 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
246 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
259 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
245 aa  176  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
253 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
245 aa  175  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.38 
 
 
251 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.201856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2217  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
251 aa  172  5e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
258 aa  172  5e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.0696546 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0242  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.43 
 
 
253 aa  171  1e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1966  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
262 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.783196 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
249 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
250 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
257 aa  169  5e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
251 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
257 aa  169  6e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.612868  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
258 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
256 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
257 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
251 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
257 aa  167  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
260 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.41 
 
 
302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000504993 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.24 
 
 
262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.55 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.49 
 
 
252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
253 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
265 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
283 aa  162  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1576  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.09 
 
 
268 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.29701  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
257 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
245 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  40.3 
 
 
260 aa  161  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  37.09 
 
 
266 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.67 
 
 
288 aa  160  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>