More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0652 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 293 aa  580  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.85 
 
 		 489 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  58.63 
 
 		 322 aa  309  4e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  64.85 
 
 		 508 aa  308  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  63.25 
 
 		 743 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  62.82 
 
 		 736 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.52 
 
 		 576 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  63.25 
 
 		 795 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  62.23 
 
 		 680 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.68 
 
 		 247 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.18 
 
 		 466 aa  301  9e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  61.8 
 
 		 687 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  64.44 
 
 		 264 aa  299  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.11 
 
 		 457 aa  299  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.48 
 
 		 327 aa  298  9e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  61.86 
 
 		 466 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  58.51 
 
 		 422 aa  296  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  59.75 
 
 		 499 aa  296  4e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  61.97 
 
 		 598 aa  295  6e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  61.97 
 
 		 598 aa  295  6e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  61.21 
 
 		 576 aa  294  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.56 
 
 		 609 aa  290  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  60.34 
 
 		 674 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.69 
 
 		 601 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.92 
 
 		 669 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  60.26 
 
 		 690 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  59.23 
 
 		 576 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  59.83 
 
 		 689 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  59.32 
 
 		 577 aa  286  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  57.98 
 
 		 296 aa  286  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  59.4 
 
 		 698 aa  285  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.76 
 
 		 620 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.51 
 
 		 704 aa  285  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  61.8 
 
 		 784 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  59.75 
 
 		 676 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.27 
 
 		 528 aa  271  1e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  55.13 
 
 		 372 aa  268  7e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  58.22 
 
 		 286 aa  265  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.36 
 
 		 501 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  52.5 
 
 		 270 aa  245  6.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  51.34 
 
 		 285 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.79 
 
 		 236 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  48.28 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 290 aa  178  9e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 417 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  44.78 
 
 		 587 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  46.92 
 
 		 736 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.73 
 
 		 328 aa  169  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  47 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 239 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  45.89 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  40.43 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 686 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  46.82 
 
 		 466 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 527 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  44.84 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  36.59 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 278 aa  165  8e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  42.47 
 
 		 556 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.3 
 
 		 544 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.29 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  40.4 
 
 		 554 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.4 
 
 		 513 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  40.4 
 
 		 554 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  37.98 
 
 		 572 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  40.4 
 
 		 554 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  40.4 
 
 		 554 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 268 aa  162  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.66 
 
 		 633 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  40.4 
 
 		 554 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 249 aa  162  8.000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.98 
 
 		 572 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 597 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 379 aa  161  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.4 
 
 		 380 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.33 
 
 		 502 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  45.7 
 
 		 624 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  41.18 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.18 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  45.98 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 398 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.12 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.12 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 447 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  45 
 
 		 467 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 520 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 554 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  44.8 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.5 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>