More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3526 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 233 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  91.53 
 
 		 217 aa  342  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  88.37 
 
 		 201 aa  312  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  70.35 
 
 		 200 aa  248  8e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  69.77 
 
 		 202 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  69.77 
 
 		 202 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  69.19 
 
 		 202 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  63.58 
 
 		 200 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  61.05 
 
 		 199 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  57.23 
 
 		 201 aa  208  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  58.38 
 
 		 201 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  52.33 
 
 		 223 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  56.98 
 
 		 201 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  54.65 
 
 		 199 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  50.58 
 
 		 199 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  47.09 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  52.63 
 
 		 198 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  47.67 
 
 		 199 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  47.67 
 
 		 199 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 208 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  47.67 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  47.56 
 
 		 200 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  46.34 
 
 		 200 aa  156  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  40.35 
 
 		 200 aa  148  7e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 199 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 		 202 aa  141  9.999999999999999e-33  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  42.77 
 
 		 199 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 201 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 201 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 		 201 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  44.58 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  40.36 
 
 		 199 aa  128  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  37.95 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  47.85 
 
 		 202 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 		 245 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  38.2 
 
 		 245 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.73 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 		 259 aa  75.1  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  31.02 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.49 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  34.91 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  25.71 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.87 
 
 		 245 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.18 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1057  short chain dehydrogenase; 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.22 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.474453 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.69 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.18 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.94 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  29.21 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.43 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  27.32 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.51 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 257 aa  58.5  0.00000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1374  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.05 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  28 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.14 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  27.46 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0577833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.42 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6322  putative short-chain dehydrogenase  28.8 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72840  putative short-chain dehydrogenase  28.8 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  28.72 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.25 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.901767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.51 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.09 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  28.72 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.85 
 
 		 238 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.256883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>