More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0055 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0052  secretion protein HlyD family protein  98.46 
 
 		 324 aa  637    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0055  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 324 aa  646    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0163  lipoprotein  86.67 
 
 		 311 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0904469  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0350  secretion protein HlyD  62.63 
 
 		 320 aa  331  9e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0409  secretion protein HlyD  63.55 
 
 		 332 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4329  secretion protein HlyD family protein  58.28 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1744  HlyD family secretion protein  59.27 
 
 		 321 aa  318  7e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0223446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1719  secretion protein HlyD  52.88 
 
 		 315 aa  308  5.9999999999999995e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0706497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3691  secretion protein HlyD family protein  61.87 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4164  secretion protein HlyD family protein  61.33 
 
 		 320 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571077  normal  0.349969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3452  HlyD family secretion protein  49.14 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  45.95 
 
 		 359 aa  235  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1084  HlyD family secretion protein  45.7 
 
 		 356 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.335201 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  38.44 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  38.11 
 
 		 332 aa  211  9e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  44.44 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1342  HlyD family secretion protein  37.1 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0456  secretion protein HlyD family protein  41.8 
 
 		 324 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.119386  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  36.81 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2707  secretion protein HlyD family protein  41.38 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0402  HlyD family secretion protein  37.15 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0463  HlyD family secretion protein  36.81 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4665  secretion protein HlyD family protein  41.69 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.267783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  32.7 
 
 		 258 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  34 
 
 		 257 aa  145  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  33.01 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0506  secretion protein HlyD family protein  35 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  32.23 
 
 		 267 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5057  secretion protein HlyD family protein  39.86 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  31.31 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1035  secretion protein HlyD  40.72 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.833081  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  30.84 
 
 		 329 aa  123  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2440  secretion protein HlyD family protein  38.51 
 
 		 265 aa  120  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41732 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1705  HlyD family secretion protein  32.17 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.49 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  31.51 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3107  secretion protein HlyD family protein  35.71 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.128244  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  29.87 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2750  secretion protein HlyD family protein  31.33 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1420  secretion protein HlyD family protein  29.08 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2575  secretion protein HlyD family protein  31.33 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  33.22 
 
 		 354 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0875  secretion protein HlyD family protein  26.58 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.316135 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  25.43 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1493  secretion protein HlyD family protein  29.45 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.172966  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2642  secretion protein HlyD family protein  31.33 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  29.84 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  23.43 
 
 		 331 aa  88.6  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  29.05 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  29.05 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  32 
 
 		 382 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  28.67 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1549  secretion protein HlyD family protein  28.25 
 
 		 372 aa  86.7  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  31.64 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2370  secretion protein HlyD  30.27 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.972198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2833  secretion protein HlyD family protein  27.71 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121026  normal  0.828234 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  30.04 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  29.72 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1513  secretion protein HlyD family protein  27.71 
 
 		 384 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  24.63 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  30.04 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1611  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.306933  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  29.82 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 363 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  29.62 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  29.62 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  29.62 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  29.62 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  28.62 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.62 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  29.62 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1480  secretion protein HlyD family protein  23.1 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.785095  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3960  secretion protein HlyD family protein  29.07 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1521  hypothetical protein  28.42 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1522  secretion protein HlyD family protein  27.34 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3835  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  28.9 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  25.53 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  29.04 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  27.59 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3420  secretion protein HlyD family protein  29.35 
 
 		 357 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00610  Type I secretion protein, HlyD family  28.78 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.211465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3856  auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  29.39 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00129  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  26.99 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000116655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16790  Secretion protein, HlyD family  28.32 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.424622  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  27.11 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  27.08 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3899  secretion protein HlyD family protein  29.39 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.879775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  27.11 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3779  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.39 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.133901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0748  secretion protein HlyD family protein  30.31 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0153902  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3789  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.39 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  27.08 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4203  hypothetical protein  23.68 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99855  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  27.11 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0017  secretion protein HlyD family protein  28.41 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  29.52 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1823  secretion protein HlyD family protein  27.74 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>