More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4489 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
331 aa  638    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  78.26 
 
 
330 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  80.18 
 
 
328 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  78.66 
 
 
328 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  75.46 
 
 
329 aa  457  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.16 
 
 
333 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.98 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.94 
 
 
340 aa  335  5e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.25 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  53.66 
 
 
329 aa  311  1e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  49.84 
 
 
322 aa  291  7e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  52.38 
 
 
324 aa  282  6.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.55 
 
 
327 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.48 
 
 
324 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.15 
 
 
325 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.47 
 
 
325 aa  265  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  54.15 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.48 
 
 
320 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.67 
 
 
319 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.82 
 
 
325 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  47.68 
 
 
325 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  47.68 
 
 
325 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.22 
 
 
324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.58 
 
 
338 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  49.21 
 
 
320 aa  252  7e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  50.66 
 
 
330 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  48.75 
 
 
330 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.94 
 
 
324 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.48 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  45.17 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  41.51 
 
 
329 aa  242  6e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  45.65 
 
 
327 aa  239  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.17 
 
 
321 aa  238  9e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  46.34 
 
 
324 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.85 
 
 
403 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  46.34 
 
 
324 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  46.34 
 
 
324 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.73 
 
 
324 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  46.18 
 
 
327 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  48.18 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  45.43 
 
 
324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  45.43 
 
 
324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  45.86 
 
 
327 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.12 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.15 
 
 
323 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.74 
 
 
328 aa  232  9e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.96 
 
 
318 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  43.83 
 
 
323 aa  228  8e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  44.2 
 
 
405 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.71 
 
 
326 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.45 
 
 
324 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.56 
 
 
322 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  46.11 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.27 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.95 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.4 
 
 
339 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  44.24 
 
 
401 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  42.86 
 
 
408 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  44.24 
 
 
401 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.19 
 
 
323 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.9 
 
 
320 aa  210  3e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.11 
 
 
315 aa  210  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.71 
 
 
321 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.4 
 
 
320 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  46.01 
 
 
321 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.42 
 
 
315 aa  206  6e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.14 
 
 
318 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.88 
 
 
403 aa  204  1e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  47.42 
 
 
330 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  40.5 
 
 
400 aa  204  2e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.19 
 
 
322 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  41.27 
 
 
402 aa  204  2e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  42.39 
 
 
324 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.05 
 
 
320 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  42.07 
 
 
324 aa  203  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  41.2 
 
 
402 aa  202  5e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.01 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.91 
 
 
317 aa  198  9e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.97 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  39.44 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  39.44 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  44.72 
 
 
410 aa  196  6e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  42.81 
 
 
402 aa  196  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.69 
 
 
401 aa  195  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  42.41 
 
 
403 aa  194  1e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  44.75 
 
 
404 aa  194  1e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.76 
 
 
321 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  38.51 
 
 
402 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  39.32 
 
 
401 aa  193  4e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.68 
 
 
311 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.68 
 
 
311 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.81 
 
 
319 aa  192  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.28 
 
 
324 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.37 
 
 
311 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.56 
 
 
319 aa  189  5e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>