211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3471 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 388 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  85.05 
 
 		 388 aa  647    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  85.82 
 
 		 388 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  78.35 
 
 		 388 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  72.73 
 
 		 390 aa  550  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  72.28 
 
 		 389 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  72.24 
 
 		 389 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  42.02 
 
 		 388 aa  259  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  42.81 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  38.28 
 
 		 386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  41.19 
 
 		 389 aa  245  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  40.6 
 
 		 389 aa  243  5e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  40.6 
 
 		 389 aa  243  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  39.23 
 
 		 405 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  34.27 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  34.82 
 
 		 388 aa  204  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  31.87 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  31.46 
 
 		 402 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  31.46 
 
 		 402 aa  189  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  32.21 
 
 		 390 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  32.26 
 
 		 373 aa  171  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  27.46 
 
 		 396 aa  170  4e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  31.96 
 
 		 393 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  31.09 
 
 		 393 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  30.86 
 
 		 399 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  31.25 
 
 		 398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  32.19 
 
 		 382 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  32.9 
 
 		 386 aa  126  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  29.29 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  28.71 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  28.65 
 
 		 396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  27.13 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  26.87 
 
 		 376 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  27.64 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  26.53 
 
 		 378 aa  109  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  26.71 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  30.34 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  27.17 
 
 		 389 aa  87.8  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  30 
 
 		 371 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  30.03 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  24.19 
 
 		 418 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.24 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  25.37 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  26.9 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.92 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  26.53 
 
 		 388 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  22.96 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  30.61 
 
 		 386 aa  72  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  26.26 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  25.5 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  24.82 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  25.5 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  23.42 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  24.93 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  28.37 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  27.88 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  23.94 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  24.58 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  24.54 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  23.42 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.09 
 
 		 391 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  27.91 
 
 		 481 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.55 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  23.38 
 
 		 423 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  23.8 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  27.9 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  26.56 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.14 
 
 		 792 aa  63.2  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  23.88 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  27.24 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  26.54 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  27.11 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  25.51 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  22.65 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1296  permease YjgP/YjgQ family protein  27.85 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00381796  normal  0.151885 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  24.83 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  24.44 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  21.65 
 
 		 495 aa  59.3  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  26.25 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  25.62 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  25.52 
 
 		 375 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  23.48 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  20.54 
 
 		 362 aa  57  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  26.29 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  25.37 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  25.08 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  24.79 
 
 		 443 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  26.64 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3065  permease YjgP/YjgQ family protein  26.82 
 
 		 396 aa  55.8  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2421 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.47 
 
 		 372 aa  56.2  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  26.97 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  28.99 
 
 		 370 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  28.16 
 
 		 372 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  22.51 
 
 		 361 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  23.6 
 
 		 478 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  24.52 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  30.54 
 
 		 371 aa  53.9  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>