More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3087 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
322 aa  657    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.23 
 
 
322 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.99 
 
 
322 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  72.79 
 
 
305 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  37.87 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  36.21 
 
 
295 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
296 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.54 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.58 
 
 
312 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
296 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
295 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
275 aa  164  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
275 aa  163  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
309 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
307 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  39.16 
 
 
307 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
311 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
302 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
312 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
276 aa  151  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
276 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
282 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.29 
 
 
300 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
300 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  34.95 
 
 
279 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.14 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.14 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.82 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.82 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.82 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  34.82 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.82 
 
 
302 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.39 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
278 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
308 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  32.21 
 
 
276 aa  138  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
275 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  32.67 
 
 
276 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  39.05 
 
 
292 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  37.96 
 
 
301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
279 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
309 aa  130  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1820  short chain dehydrogenase  37.61 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.187339 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
273 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  33.21 
 
 
300 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  37.21 
 
 
300 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  34.59 
 
 
300 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  34.19 
 
 
301 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  36.11 
 
 
300 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  32.88 
 
 
309 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  36.11 
 
 
300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.3 
 
 
241 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 
286 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  36.59 
 
 
289 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
271 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  36.57 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  36.57 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
267 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  37.39 
 
 
277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  35.19 
 
 
301 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
276 aa  112  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.51 
 
 
269 aa  112  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  35.48 
 
 
301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.03 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  35.71 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.72 
 
 
262 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.948025  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.5 
 
 
246 aa  107  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
289 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
263 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.27 
 
 
238 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
310 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  34.26 
 
 
304 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
289 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
262 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
262 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
238 aa  105  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  34.26 
 
 
300 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
274 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
250 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.85 
 
 
244 aa  103  4e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
273 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>