More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1518 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1518  response regulator receiver protein  100 
 
 		 143 aa  292  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.966484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  72.93 
 
 		 137 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  36.57 
 
 		 256 aa  109  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  51.33 
 
 		 121 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  40 
 
 		 132 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 124 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2406  response regulator receiver protein  47.57 
 
 		 124 aa  94.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  41.23 
 
 		 122 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  41.23 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  39.32 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.93 
 
 		 228 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7266  response regulator receiver protein  43.27 
 
 		 122 aa  92  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  38.4 
 
 		 214 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2399  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 128 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  40.35 
 
 		 123 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 128 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2070  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.69 
 
 		 459 aa  86.3  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  40 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 209 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  41.44 
 
 		 133 aa  84.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  33.86 
 
 		 210 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 		 224 aa  84.3  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  33.86 
 
 		 210 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 203 aa  84  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 210 aa  83.6  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.06 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  32.52 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  34.96 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 207 aa  81.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0583  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  33.62 
 
 		 200 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 224 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5182  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.27 
 
 		 230 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  32.23 
 
 		 210 aa  80.1  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.75 
 
 		 220 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0911  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 456 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 456 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 209 aa  80.1  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  32.03 
 
 		 205 aa  80.1  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 469 aa  79.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0358984  normal  0.379225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2964  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  36.22 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1546  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0280611  normal  0.028816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4458  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 442 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1461  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 445 aa  79  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0783973  normal  0.675596 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5188  response regulator receiver protein  43.53 
 
 		 101 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701464 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.45 
 
 		 230 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.23 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  36.94 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  35.71 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 222 aa  77.4  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 183 aa  77.4  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 277 aa  77.4  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  35.34 
 
 		 243 aa  77  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3858  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 206 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 201 aa  77  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  33.33 
 
 		 203 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.06 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0666  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3732  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1465  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.11 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  35.14 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  35.14 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  35.77 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1466  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3675  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  33.61 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  29.03 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3169  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  33.61 
 
 		 1445 aa  75.5  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0593  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858162  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>