122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4429 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4429  Citrate lyase subunit beta-like protein  100 
 
 		 373 aa  763    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00516467  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4148  putative citrate lyase  89.06 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2868  malyl-CoA lyase or citrate lyase, beta subunit  64 
 
 		 327 aa  435  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4731  HpcH/HpaI aldolase  62.85 
 
 		 334 aa  422  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2553  HpcH/HpaI aldolase  62.27 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.108107  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1830  HpcH/HpaI aldolase  59.51 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.650441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1999  lyase protein  59.25 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2154  HpcH/HpaI aldolase  58.59 
 
 		 326 aa  362  8e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2899  lyase  53.85 
 
 		 338 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4357  HpcH/HpaI aldolase  53.23 
 
 		 340 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6859  HpcH/HpaI aldolase  53.54 
 
 		 338 aa  348  8e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2490  HpcH/HpaI aldolase  52.78 
 
 		 326 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2328  putative citrate lyase beta subunit  52.47 
 
 		 326 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4436  HpcH/HpaI aldolase  51.98 
 
 		 378 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3931  HpcH/HpaI aldolase  51.98 
 
 		 378 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0657  lyase, putative  53.99 
 
 		 339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3597  HpcH/HpaI aldolase  54.46 
 
 		 335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2155  citrate lyase beta subunit-like  55.38 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2475  putative lyase  52.76 
 
 		 339 aa  329  4e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1618  putative lyase  52.76 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1826  putative lyase  52.76 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2337  putative lyase  52.76 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0496  putative lyase  52.76 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1752  putative lyase  53.46 
 
 		 331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3308  HpcH/HpaI aldolase  54.6 
 
 		 334 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.747689 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3824  HpcH/HpaI aldolase  54.91 
 
 		 334 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508893 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4652  HpcH/HpaI aldolase  54.77 
 
 		 335 aa  322  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2173  putative lyase  50.76 
 
 		 337 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0797  putative lyase  54.27 
 
 		 307 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2709  putative lyase  46.41 
 
 		 350 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1804  putative citrate lyase beta subunit  44.77 
 
 		 354 aa  276  5e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0637103  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3597  HpcH/HpaI aldolase  44.23 
 
 		 356 aa  276  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3029  HpcH/HpaI aldolase  44.71 
 
 		 329 aa  265  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2208  HpcH/HpaI aldolase  47.56 
 
 		 341 aa  263  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2789  HpcH/HpaI aldolase  48.8 
 
 		 336 aa  262  6e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.175467  normal  0.257367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2279  HpcH/HpaI aldolase  48.8 
 
 		 336 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2431  HpcH/HpaI aldolase  44.54 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1434  HpcH/HpaI aldolase  42.94 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  26.91 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  29.9 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  26.87 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  25.66 
 
 		 341 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  26.74 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  26.22 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  27.67 
 
 		 349 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  26.19 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  28.43 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  24.74 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  27.51 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  27.51 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  26.17 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  27.97 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  28.93 
 
 		 304 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  26.09 
 
 		 350 aa  62  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  25.65 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  27.72 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  26.02 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  26.4 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  25.95 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  25.91 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  25.79 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  25.91 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  24.06 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  25.5 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  26.04 
 
 		 325 aa  57  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  26.97 
 
 		 269 aa  57  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  27.34 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  24.84 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  27.49 
 
 		 279 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  25 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  25 
 
 		 321 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  26.43 
 
 		 310 aa  54.7  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  25.84 
 
 		 350 aa  54.7  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  26.34 
 
 		 324 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  23.29 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  26.03 
 
 		 318 aa  54.3  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  26.42 
 
 		 325 aa  53.9  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  26.92 
 
 		 303 aa  53.5  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  25.93 
 
 		 323 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  25 
 
 		 291 aa  52.8  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  25.89 
 
 		 318 aa  52.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  29.48 
 
 		 286 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  25.17 
 
 		 347 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  28.32 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  23.31 
 
 		 308 aa  51.2  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  28.16 
 
 		 290 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  24.9 
 
 		 347 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  26.4 
 
 		 270 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  26.21 
 
 		 318 aa  50.4  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  26.91 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  23.72 
 
 		 318 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  26.72 
 
 		 319 aa  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  29.22 
 
 		 320 aa  49.7  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  26.42 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  26.03 
 
 		 323 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  26.42 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  27.08 
 
 		 282 aa  49.7  0.00009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  25.1 
 
 		 324 aa  49.7  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  25.86 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  26.59 
 
 		 268 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>