234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3427 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  100 
 
 		 125 aa  253  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  53.33 
 
 		 108 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  48.96 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  51.9 
 
 		 118 aa  80.1  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  50 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  49.25 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  48 
 
 		 109 aa  74.3  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  42.17 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  42.59 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3263  putative signal peptide protein  46.15 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  49.32 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  47.95 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  47.44 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  38.96 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  37.5 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  38 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  41.1 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 116 aa  63.5  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  44.12 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  39.47 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  44.29 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  40.7 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  41.1 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  36.08 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  38.67 
 
 		 261 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  37.33 
 
 		 257 aa  57  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  38.16 
 
 		 284 aa  57  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1578  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  39.73 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  41.43 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  39.39 
 
 		 230 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 230 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  41.18 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  32.63 
 
 		 243 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  32.63 
 
 		 243 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  39.71 
 
 		 196 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  32.47 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  39.71 
 
 		 201 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  34.74 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0982  cytochrome c class I  38.57 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0520697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  40.28 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  40.28 
 
 		 202 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 221 aa  52  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 116 aa  51.6  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  40.54 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 226 aa  51.6  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2566  putative cytochrome c  34.85 
 
 		 228 aa  51.2  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  34.52 
 
 		 205 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  35.21 
 
 		 222 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  37.08 
 
 		 220 aa  50.4  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  33.87 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  31.33 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  33.04 
 
 		 198 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2279  cytochrome c  31.88 
 
 		 243 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0609  cytochrome c4, putative  30.1 
 
 		 253 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1162  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.806523  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  35.38 
 
 		 199 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  30.1 
 
 		 249 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  30.1 
 
 		 249 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  35.64 
 
 		 239 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  33.04 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  30.1 
 
 		 253 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  30.1 
 
 		 253 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 216 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2026  cytochrome c, class IC  36.92 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  30.1 
 
 		 249 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  34.33 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  30.1 
 
 		 253 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1266  cytochrome c, class I  38.03 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.14391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  30.1 
 
 		 234 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  29.79 
 
 		 239 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1242  putative cytochrome c  34.85 
 
 		 245 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.291072  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  34.29 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  41.1 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  31.76 
 
 		 200 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  32.84 
 
 		 209 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  33.8 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  32.61 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 216 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  32.08 
 
 		 195 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 226 aa  48.1  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 223 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  33.82 
 
 		 154 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  36.76 
 
 		 200 aa  47.4  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2878  cytochrome c4, putative  33.33 
 
 		 238 aa  47.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  38.36 
 
 		 196 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  38.36 
 
 		 211 aa  47  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1488  cytochrome c  33.33 
 
 		 238 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.308857  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1355  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 236 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  34.67 
 
 		 281 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 240 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 201 aa  47  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  33.33 
 
 		 191 aa  47  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1349  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 236 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.708882  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  36.99 
 
 		 112 aa  47  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  36.76 
 
 		 203 aa  47  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>