More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4653 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  63.08 
 
 		 240 aa  265  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  57.55 
 
 		 261 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  56.73 
 
 		 257 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3388  cytochrome c553-like protein  57.64 
 
 		 283 aa  231  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485669  normal  0.152505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  57.59 
 
 		 284 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1242  putative cytochrome c  58.29 
 
 		 245 aa  228  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.291072  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  48.56 
 
 		 243 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  54.46 
 
 		 239 aa  225  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  47.76 
 
 		 239 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  48.15 
 
 		 243 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2566  putative cytochrome c  57.29 
 
 		 228 aa  224  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458345 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0351  putative periplasmic cytochrome c protein  50.24 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4074  putative periplasmic cytochrome c protein  49.58 
 
 		 257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84128 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  53.67 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  50.24 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0626  putative periplasmic cytochrome c protein  48.31 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0822145  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  52.75 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  52.29 
 
 		 236 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  52.75 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2697  cytochrome c, class I  53 
 
 		 236 aa  208  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  53 
 
 		 254 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  53 
 
 		 254 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  52.68 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  53.2 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  52.68 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  53.2 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  52.68 
 
 		 234 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  52.68 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  53.2 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2878  cytochrome c4, putative  49.79 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1720  cytochrome c  47.26 
 
 		 217 aa  203  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5765  cytochrome c4, putative  51.96 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.524274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8113  putative cytochrome c4  46.44 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1488  cytochrome c  47.74 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.308857  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1399  cytochrome c553-like  52.48 
 
 		 203 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2279  cytochrome c  47.57 
 
 		 243 aa  196  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1349  putative cytochrome c  48.72 
 
 		 236 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.708882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1355  putative cytochrome c  48.72 
 
 		 236 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0609  cytochrome c4, putative  51.98 
 
 		 253 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  39.77 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  35.09 
 
 		 271 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  35.83 
 
 		 220 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  36.57 
 
 		 216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  36.87 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  35.82 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  36.87 
 
 		 217 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  32.87 
 
 		 256 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  36.07 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  34.95 
 
 		 202 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  37.02 
 
 		 207 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  38.51 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  36.78 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  37.78 
 
 		 262 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  36.21 
 
 		 217 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  35.63 
 
 		 217 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  32.23 
 
 		 204 aa  96.3  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  32.02 
 
 		 221 aa  96.3  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  33.72 
 
 		 213 aa  95.9  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  34.27 
 
 		 200 aa  95.5  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 222 aa  95.1  8e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  40.23 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  32.95 
 
 		 318 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  33.88 
 
 		 237 aa  93.6  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  32.76 
 
 		 219 aa  93.2  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2727  cytochrome c4  32.76 
 
 		 217 aa  92.8  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  28.85 
 
 		 202 aa  92  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  30.19 
 
 		 209 aa  91.7  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  31.58 
 
 		 206 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  32.34 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  31.51 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  32.34 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  32.11 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  32 
 
 		 208 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  32.39 
 
 		 205 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  32.08 
 
 		 208 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 208 aa  89  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  33.33 
 
 		 203 aa  89  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  29.67 
 
 		 200 aa  89  7e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  29.67 
 
 		 200 aa  89  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  32.68 
 
 		 205 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  30.37 
 
 		 199 aa  88.6  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  30.09 
 
 		 206 aa  87.8  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  29.9 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  31.65 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  28.05 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 205 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  32.84 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  32.68 
 
 		 205 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  32.98 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  30.77 
 
 		 205 aa  87  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  37.06 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  29.9 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  30.29 
 
 		 200 aa  86.3  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  29.9 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  37.06 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  29.41 
 
 		 207 aa  85.9  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  32.24 
 
 		 205 aa  86.3  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  32.68 
 
 		 205 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  32.68 
 
 		 205 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>