More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0201 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0201  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 217 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.469844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6957  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.65 
 
 		 212 aa  226  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2730  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.58 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3458  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.03 
 
 		 205 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.875783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.5 
 
 		 202 aa  201  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.194299 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3062  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.61 
 
 		 203 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.58769  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1295  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.5 
 
 		 204 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  45.54 
 
 		 201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  45.15 
 
 		 201 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.55 
 
 		 201 aa  181  9.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  44.28 
 
 		 201 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  43.78 
 
 		 211 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  46.04 
 
 		 201 aa  178  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  43.56 
 
 		 201 aa  177  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09800  3-isopropylmalate dehydratase small subunit LeuD2  45.05 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 		 201 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  42.08 
 
 		 207 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  44.66 
 
 		 201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  41.29 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  42.29 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 		 200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  42.29 
 
 		 201 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  42.29 
 
 		 202 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  42.29 
 
 		 202 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  42.29 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  41.79 
 
 		 200 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  40.8 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  43.69 
 
 		 201 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.08 
 
 		 201 aa  169  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  43.69 
 
 		 201 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  41.79 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  40.8 
 
 		 201 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  43.84 
 
 		 202 aa  168  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  40.3 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  41.29 
 
 		 201 aa  165  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0364  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.27 
 
 		 208 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.386079  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0371  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 		 208 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0422  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 		 208 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  42.05 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40.95 
 
 		 205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.566047  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.39 
 
 		 195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0362  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.485834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  41.26 
 
 		 722 aa  161  7e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  44.68 
 
 		 200 aa  161  8.000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 200 aa  161  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.51 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  44.15 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  44.15 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.71 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  42.25 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 200 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1876  isopropylmalate isomerase small subunit  45.92 
 
 		 192 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40.1 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  41.04 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  41.54 
 
 		 201 aa  158  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  41.54 
 
 		 201 aa  158  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  42.18 
 
 		 215 aa  158  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  41.23 
 
 		 215 aa  158  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  157  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  157  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0776  isopropylmalate isomerase small subunit  43.69 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  43.06 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0626  isopropylmalate isomerase small subunit  43.69 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  42.13 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1726  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.27 
 
 		 195 aa  157  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  44.39 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  43.88 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  42.25 
 
 		 200 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  41.18 
 
 		 216 aa  156  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  39.81 
 
 		 216 aa  156  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.45 
 
 		 213 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  41.23 
 
 		 215 aa  155  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  39.81 
 
 		 216 aa  156  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  39.63 
 
 		 214 aa  155  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.4 
 
 		 216 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  43.37 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  38.66 
 
 		 200 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  43.65 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  43.37 
 
 		 201 aa  155  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  42.36 
 
 		 200 aa  154  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  154  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  38.34 
 
 		 194 aa  153  1e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  42.27 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  41.71 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.24 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2764  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  39.55 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>