More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3888 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 376 aa  757    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  95.47 
 
 		 376 aa  726    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  79.68 
 
 		 380 aa  608  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  79.29 
 
 		 381 aa  604  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  70.99 
 
 		 375 aa  518  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  68.45 
 
 		 378 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  68.35 
 
 		 378 aa  502  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  68.35 
 
 		 378 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  61.81 
 
 		 370 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  61.68 
 
 		 371 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  58.81 
 
 		 377 aa  431  1e-120  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  61.04 
 
 		 372 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  60.44 
 
 		 373 aa  428  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  58.68 
 
 		 381 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  58.68 
 
 		 382 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  62.4 
 
 		 615 aa  420  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  57.57 
 
 		 383 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  61.43 
 
 		 579 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  59.02 
 
 		 382 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 593 aa  408  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  60.33 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.83 
 
 		 604 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.83 
 
 		 579 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  58.4 
 
 		 382 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.95 
 
 		 594 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  59.32 
 
 		 367 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  60.38 
 
 		 379 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  57.87 
 
 		 382 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  58.24 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  59.62 
 
 		 383 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 383 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 		 385 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  54.9 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.17 
 
 		 369 aa  343  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  54.14 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  53.87 
 
 		 369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  50.13 
 
 		 591 aa  329  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  48.56 
 
 		 552 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.68 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 		 367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  46.54 
 
 		 374 aa  309  5e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  45.6 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  45.6 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  50.56 
 
 		 376 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.91 
 
 		 361 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  46.59 
 
 		 367 aa  302  7.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.03 
 
 		 366 aa  301  8.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  50.56 
 
 		 365 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.03 
 
 		 361 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  50.56 
 
 		 365 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  47.79 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  48.23 
 
 		 368 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  47.96 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  45.56 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 367 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 373 aa  295  8e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  49.29 
 
 		 364 aa  293  4e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  41.6 
 
 		 359 aa  292  8e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  47.7 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  49.3 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 366 aa  289  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  46.84 
 
 		 368 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  45.01 
 
 		 354 aa  289  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  46.91 
 
 		 362 aa  288  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  44.75 
 
 		 367 aa  286  4e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  46.86 
 
 		 362 aa  285  7e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  43.37 
 
 		 362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  45.41 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  48.29 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  44.05 
 
 		 355 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  44.02 
 
 		 365 aa  282  6.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  46.44 
 
 		 368 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  47.04 
 
 		 367 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  44.66 
 
 		 358 aa  282  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  47.61 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 369 aa  281  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  43.8 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  46.98 
 
 		 360 aa  280  2e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  44.93 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.18 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  44.9 
 
 		 368 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  44.96 
 
 		 350 aa  280  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  46.4 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 370 aa  280  3e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 362 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  40.16 
 
 		 366 aa  280  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  44.97 
 
 		 361 aa  280  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  44.92 
 
 		 369 aa  280  4e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  42.16 
 
 		 364 aa  279  5e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  43.26 
 
 		 359 aa  279  7e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  43.98 
 
 		 359 aa  278  8e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>