229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1804 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1804  putative citrate lyase beta subunit  100 
 
 		 354 aa  722    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0637103  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3597  HpcH/HpaI aldolase  64.24 
 
 		 356 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3029  HpcH/HpaI aldolase  64.37 
 
 		 329 aa  420  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2208  HpcH/HpaI aldolase  64.83 
 
 		 341 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2431  HpcH/HpaI aldolase  62.61 
 
 		 339 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2279  HpcH/HpaI aldolase  62.57 
 
 		 336 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2789  HpcH/HpaI aldolase  62.57 
 
 		 336 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.175467  normal  0.257367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1434  HpcH/HpaI aldolase  60.29 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2154  HpcH/HpaI aldolase  49.7 
 
 		 326 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2173  putative lyase  49.71 
 
 		 337 aa  309  5e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2709  putative lyase  49.72 
 
 		 350 aa  308  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15345 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1830  HpcH/HpaI aldolase  48.37 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.650441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2328  putative citrate lyase beta subunit  48.84 
 
 		 326 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2490  HpcH/HpaI aldolase  48.41 
 
 		 326 aa  302  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1999  lyase protein  50.93 
 
 		 320 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0657  lyase, putative  51.02 
 
 		 339 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3597  HpcH/HpaI aldolase  49.7 
 
 		 335 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4436  HpcH/HpaI aldolase  49.4 
 
 		 378 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3931  HpcH/HpaI aldolase  49.4 
 
 		 378 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4357  HpcH/HpaI aldolase  47.48 
 
 		 340 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2475  putative lyase  49.28 
 
 		 339 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1618  putative lyase  49.28 
 
 		 339 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1826  putative lyase  49.28 
 
 		 339 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2337  putative lyase  49.28 
 
 		 339 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0496  putative lyase  49.28 
 
 		 339 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1752  putative lyase  49.27 
 
 		 331 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2899  lyase  47.68 
 
 		 338 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6859  HpcH/HpaI aldolase  47.37 
 
 		 338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2868  malyl-CoA lyase or citrate lyase, beta subunit  46.11 
 
 		 327 aa  286  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4148  putative citrate lyase  44.77 
 
 		 331 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2155  citrate lyase beta subunit-like  50.45 
 
 		 335 aa  285  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3824  HpcH/HpaI aldolase  50.45 
 
 		 334 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508893 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4652  HpcH/HpaI aldolase  50.89 
 
 		 335 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3308  HpcH/HpaI aldolase  50.15 
 
 		 334 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.747689 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2553  HpcH/HpaI aldolase  47.09 
 
 		 332 aa  281  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.108107  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4429  Citrate lyase subunit beta-like protein  44.77 
 
 		 373 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00516467  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4731  HpcH/HpaI aldolase  43.92 
 
 		 334 aa  276  4e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0797  putative lyase  49.69 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  29.97 
 
 		 318 aa  95.9  9e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  29.97 
 
 		 318 aa  95.9  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  28.04 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  29.62 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  28.72 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  28.62 
 
 		 318 aa  89.4  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  30.64 
 
 		 325 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  28.01 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  28.57 
 
 		 320 aa  87  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  28.48 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  28.96 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  31.53 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  28.19 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  27.7 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  28.38 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  28.15 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  28.15 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  29.48 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  27.63 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  28.46 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  29.7 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  28.33 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  25.95 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  26.95 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  26.95 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  27.33 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  26.46 
 
 		 350 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  28.89 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  27.06 
 
 		 325 aa  72.4  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  25.56 
 
 		 363 aa  72.4  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  31.13 
 
 		 319 aa  72  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  25.68 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  27.62 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  29.57 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  27.57 
 
 		 355 aa  69.3  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  27.03 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  27.43 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  32.78 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  26.35 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  30.04 
 
 		 284 aa  67  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  26.64 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  24.79 
 
 		 274 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  27.82 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  27.83 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  30.05 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  26.94 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  26.88 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  27.11 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  26.88 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2324  Citrate (pro-3S)-lyase  29.41 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  28.12 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  26.12 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  27.99 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  28.79 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  27.24 
 
 		 275 aa  62  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1621  HpcH/HpaI aldolase  32.29 
 
 		 362 aa  62  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0115166  decreased coverage  0.0000000158082 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  32.39 
 
 		 297 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  27.43 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  27.48 
 
 		 292 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  29.02 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  30.5 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  27.06 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>