More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2552 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  491  9.999999999999999e-139  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  85.96 
 
 		 235 aa  408  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  39.34 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 241 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  39.2 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 240 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  36.95 
 
 		 240 aa  118  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  36 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 229 aa  112  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  36 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 231 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 256 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 237 aa  112  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 212 aa  111  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 257 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  43.56 
 
 		 224 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  37.63 
 
 		 212 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 221 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  30.24 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 223 aa  105  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 255 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 222 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  39.77 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  39.87 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 255 aa  102  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  41.21 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.54 
 
 		 228 aa  102  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 240 aa  102  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.96 
 
 		 223 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 253 aa  102  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 206 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>