More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0851 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0851  transcription regulator PRHJ transcription regulator protein  100 
 
 		 174 aa  349  8.999999999999999e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.353607 
 
 
-
 
NC_003296  RS05474  transcription regulator protein  64.71 
 
 		 177 aa  153  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_003296  RS03136  transcription regulator protein  68.92 
 
 		 89 aa  101  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.625217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.64 
 
 		 225 aa  67.4  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.88 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2533  response regulator receiver protein  35.66 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.495874 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 219 aa  62  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4575  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.703378  normal  0.112036 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 223 aa  61.2  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 249 aa  61.2  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3988  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 228 aa  60.8  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0354189  normal  0.736565 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.74 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  43.62 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.78 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2599  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39200  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.254077 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4119  response regulator receiver  37.5 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  55 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  51.72 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  56.36 
 
 		 1006 aa  59.7  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  48.53 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2494  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.28 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.890127  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0262  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0721339  normal  0.623073 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.29 
 
 		 913 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19740  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.39 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.682926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  54.39 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  38.64 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2842  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.16 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.622781  decreased coverage  0.00305681 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2024  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.876474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0236  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.17 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.79 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7301  response regulator receiver protein  41.56 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  40.23 
 
 		 947 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3219  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.03 
 
 		 208 aa  57.8  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4920  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 545 aa  57.8  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7161  two component LuxR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 225 aa  57.8  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0588186  normal  0.118819 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3804  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.95 
 
 		 216 aa  57.8  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.185264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  50 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 220 aa  57.4  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 208 aa  57  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 163 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  35.14 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 163 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1991  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.56 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.141856  hitchhiker  0.00484475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  57  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  47.22 
 
 		 220 aa  57  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3519  response regulator receiver protein  42.27 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.56 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.26 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5656  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4662  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142047  hitchhiker  0.00679998 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  44.26 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  39.81 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.82 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.48 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4652  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0949639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  41.79 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2225  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.24 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2514  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.135771  normal  0.887193 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7415  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.74 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  46.43 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.51 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4836  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.82 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  44.26 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3251  response regulator receiver protein  35.82 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>