More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0952 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  100 
 
 
608 aa  1225    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  70.58 
 
 
632 aa  711    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  80.56 
 
 
627 aa  929    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  67.3 
 
 
634 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  80.72 
 
 
627 aa  931    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.15 
 
 
556 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.19 
 
 
516 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  60.19 
 
 
516 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  60.19 
 
 
516 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  60.19 
 
 
529 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  60.19 
 
 
516 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  60.19 
 
 
514 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  61.03 
 
 
513 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.84 
 
 
514 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.64 
 
 
482 aa  482  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  60.35 
 
 
537 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.35 
 
 
542 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.86 
 
 
505 aa  481  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.85 
 
 
512 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  60.59 
 
 
516 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.85 
 
 
512 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.59 
 
 
516 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  60.45 
 
 
516 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  52.95 
 
 
472 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  46.05 
 
 
533 aa  438  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.22 
 
 
453 aa  436  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.67 
 
 
449 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.04 
 
 
456 aa  434  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.78 
 
 
453 aa  429  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.86 
 
 
441 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  52.35 
 
 
452 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.28 
 
 
430 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.32 
 
 
450 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.34 
 
 
454 aa  418  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  51.55 
 
 
435 aa  403  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  47.7 
 
 
552 aa  398  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.59 
 
 
502 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  47.88 
 
 
567 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.12 
 
 
500 aa  379  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.25 
 
 
482 aa  374  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.58 
 
 
516 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1413  DEAD/DEAH box helicase-like  41.24 
 
 
623 aa  363  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.15568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1471  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.4 
 
 
649 aa  357  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.25269 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1484  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.12 
 
 
661 aa  355  8.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104154  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  47.89 
 
 
516 aa  353  5.9999999999999994e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3345  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.62 
 
 
625 aa  353  5.9999999999999994e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.049503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
626 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.65 
 
 
628 aa  350  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.76 
 
 
626 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.76 
 
 
485 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.51 
 
 
482 aa  347  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.61 
 
 
540 aa  346  6e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  47.76 
 
 
485 aa  346  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.76 
 
 
485 aa  346  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.76 
 
 
485 aa  346  8e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.76 
 
 
485 aa  346  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.52 
 
 
627 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1701  DEAD/DEAH box helicase-like  40.36 
 
 
624 aa  345  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.28 
 
 
707 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.904936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  44.71 
 
 
622 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0325  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
609 aa  345  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.93 
 
 
630 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.61 
 
 
506 aa  343  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.41 
 
 
488 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2693  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.03 
 
 
616 aa  342  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
480 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.29 
 
 
629 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49 
 
 
565 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
479 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.11 
 
 
403 aa  340  5e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
486 aa  339  7e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  46.52 
 
 
484 aa  339  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  46.52 
 
 
486 aa  339  9e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
486 aa  339  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.12 
 
 
560 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  44.88 
 
 
629 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.77 
 
 
522 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.52 
 
 
480 aa  337  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  46.06 
 
 
540 aa  337  5.999999999999999e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  46.27 
 
 
543 aa  337  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.69 
 
 
473 aa  334  3e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.52 
 
 
418 aa  332  9e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.52 
 
 
418 aa  332  9e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.52 
 
 
515 aa  332  9e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.79 
 
 
441 aa  332  2e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.76 
 
 
413 aa  331  3e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.51 
 
 
484 aa  330  5.0000000000000004e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.9 
 
 
425 aa  330  6e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  43.76 
 
 
491 aa  330  7e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.43 
 
 
515 aa  329  9e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.43 
 
 
515 aa  329  9e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  45.6 
 
 
557 aa  328  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.12 
 
 
414 aa  327  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.34 
 
 
448 aa  327  5e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.16 
 
 
479 aa  326  9e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.55 
 
 
456 aa  324  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  44.08 
 
 
639 aa  324  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  43.52 
 
 
469 aa  324  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  44.08 
 
 
635 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.14 
 
 
504 aa  323  7e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>