More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1290 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1290  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 		 292 aa  552  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2949  inner-membrane translocator  98.63 
 
 		 292 aa  543  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6070  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 534 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.02 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4265  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271034  decreased coverage  0.00000610723 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 551 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2006  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  40 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 290 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0431  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.43 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00135798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 547 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0146  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000678204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.04 
 
 		 523 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 652 aa  142  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.17 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  37.46 
 
 		 628 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 542 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 628 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 542 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  39.34 
 
 		 537 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2974  putative branched-chain amino acid transport system permease protein  32.24 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.89 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 537 aa  139  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.79 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 540 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  38.24 
 
 		 520 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4228  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.42 
 
 		 551 aa  136  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0420008  normal  0.435357 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  36.04 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.59 
 
 		 558 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4291  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956454 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 537 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.78 
 
 		 550 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  37.77 
 
 		 545 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  36.53 
 
 		 538 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.23 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4077  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.67 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.52 
 
 		 545 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 630 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1596  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.12 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  37.28 
 
 		 542 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.68 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3380  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3571  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3689  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>