More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03104 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03104  methionyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 496 aa  1017    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3666  methionyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 486 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2964  hypothetical protein  40.97 
 
 		 494 aa  330  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07748  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2749  methionyl-tRNA synthetase  40.8 
 
 		 499 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0342203  normal  0.0114918 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0570  methionine--tRNA ligase  31.39 
 
 		 659 aa  159  8e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.755013 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3624  Methionine--tRNA ligase  31.65 
 
 		 513 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1044  methionine--tRNA ligase  32.21 
 
 		 671 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3089  Methionine--tRNA ligase  30.49 
 
 		 749 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.107488  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4208  Methionine--tRNA ligase  32.14 
 
 		 645 aa  146  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0857223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6318  Methionine--tRNA ligase  30.61 
 
 		 662 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3273  methionyl-tRNA synthetase  29.93 
 
 		 662 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.433163 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_331  methionyl-tRNA synthetase  25.94 
 
 		 553 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00222615  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2662  Methionine--tRNA ligase  26.16 
 
 		 542 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1328  methionyl-tRNA synthetase  23.39 
 
 		 663 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2149  methionine--tRNA ligase  29.67 
 
 		 536 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.147199 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1347  methionyl-tRNA synthetase  23.21 
 
 		 663 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.511485  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0388  methionyl-tRNA synthetase  24.87 
 
 		 553 aa  124  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0335428  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0625  methionyl-tRNA synthetase  22.45 
 
 		 663 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0368  methionyl-tRNA synthetase  24.62 
 
 		 553 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000165751  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0619  methionyl-tRNA synthetase  21.46 
 
 		 672 aa  121  3e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5183  methionyl-tRNA synthetase  23.08 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0094  methionyl-tRNA synthetase  25.13 
 
 		 734 aa  120  6e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.168493  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4862  methionyl-tRNA synthetase  23.3 
 
 		 544 aa  117  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1042  methionyl-tRNA synthetase  26.85 
 
 		 600 aa  116  8.999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0685254  normal  0.461054 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1779  methionyl-tRNA synthetase  25.95 
 
 		 565 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.368344  normal  0.651092 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5192  methionyl-tRNA synthetase  23.02 
 
 		 544 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5177  methionyl-tRNA synthetase  23.02 
 
 		 544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0067  methionyl-tRNA synthetase  23.7 
 
 		 544 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0283  methionyl-tRNA synthetase  30.95 
 
 		 531 aa  113  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1186  methionyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 702 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03320  methionyl-tRNA synthetase  24.68 
 
 		 600 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1818  methionyl-tRNA synthetase  27.89 
 
 		 496 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4903  methionyl-tRNA synthetase  23.3 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4747  methionyl-tRNA synthetase  23.3 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5278  methionyl-tRNA synthetase  23.3 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5147  methionyl-tRNA synthetase  23.3 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0615  methionyl-tRNA synthetase  24.87 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0346  methionyl-tRNA synthetase  25.7 
 
 		 567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5716  methionyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 597 aa  111  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0850  methionyl-tRNA synthetase  24.76 
 
 		 595 aa  111  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.13207  normal  0.94417 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0963  methionyl-tRNA synthetase  24.59 
 
 		 551 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000994373 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1256  methionine--tRNA ligase  24.75 
 
 		 625 aa  110  7.000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206162 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2689  methionyl-tRNA synthetase  24.64 
 
 		 689 aa  109  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.404037 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1159  methionyl-tRNA synthetase  25.42 
 
 		 570 aa  109  1e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1337  methionyl-tRNA synthetase  24.09 
 
 		 663 aa  109  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0888  methionyl-tRNA synthetase  22.27 
 
 		 669 aa  108  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1471  methionyl-tRNA synthetase  24.47 
 
 		 682 aa  107  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1936  methionyl-tRNA synthetase  22.04 
 
 		 684 aa  107  7e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0206169  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1317  methionyl-tRNA synthetase  24.24 
 
 		 570 aa  107  7e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0492827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1568  methionyl-tRNA synthetase  25.24 
 
 		 699 aa  106  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0971  methionyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 614 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0325311 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0543  methionyl-tRNA synthetase  23.48 
 
 		 710 aa  104  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1190  methionyl-tRNA synthetase  25.44 
 
 		 702 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.975612  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17560  methionyl-tRNA synthetase  23.43 
 
 		 599 aa  103  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0814812  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1386  methionyl-tRNA synthetase  24.31 
 
 		 595 aa  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.693312  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1403  methionyl-tRNA synthetase  24.3 
 
 		 705 aa  103  8e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.349899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8622  tRNA synthetase class I (I, L, M and V)  24.57 
 
 		 593 aa  103  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2630  methionyl-tRNA synthetase  23.49 
 
 		 577 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.285635  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1626  methionyl-tRNA synthetase  24.25 
 
 		 573 aa  101  3e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.246166  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0695  methionyl-tRNA synthetase  23.72 
 
 		 663 aa  101  4e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.708898 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32490  methionyl-tRNA synthetase  24.3 
 
 		 595 aa  100  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0389  methionyl-tRNA synthetase  24.69 
 
 		 606 aa  100  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2956  methionyl-tRNA synthetase  22.82 
 
 		 691 aa  100  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.570356 
 
 
-
 
NC_002950  PG0170  methionyl-tRNA synthetase  24.51 
 
 		 680 aa  100  9e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1197  methionyl-tRNA synthetase  23.7 
 
 		 700 aa  99.4  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3011  methionyl-tRNA synthetase  24.02 
 
 		 592 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.980202  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04125  methionyl-tRNA synthetase  23.26 
 
 		 690 aa  99  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0255166  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0642  methionyl-tRNA synthetase  22.58 
 
 		 596 aa  99  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.114108  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2013  methionyl-tRNA synthetase  23.78 
 
 		 664 aa  98.6  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0726  methionyl-tRNA synthetase  22.91 
 
 		 673 aa  98.6  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.295956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0820  methionyl-tRNA synthetase  22.73 
 
 		 662 aa  98.2  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.816271 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0902  methionyl-tRNA synthetase  25.32 
 
 		 597 aa  98.2  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.320514  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1531  methionyl-tRNA synthetase  23.72 
 
 		 617 aa  98.6  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0743167  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1277  hypothetical protein  25.9 
 
 		 557 aa  96.3  1e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0125783 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0722  methionyl-tRNA synthetase  24.5 
 
 		 600 aa  95.9  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000318448 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0780  methionyl-tRNA synthetase  25.19 
 
 		 603 aa  94.7  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.207529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0136  methionyl-tRNA synthetase  22.89 
 
 		 582 aa  94.4  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05440  methionyl-tRNA synthetase  21.72 
 
 		 540 aa  94  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.220303  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0857  methionyl-tRNA synthetase  24.73 
 
 		 711 aa  93.6  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2037  methionyl-tRNA synthetase  23.5 
 
 		 592 aa  93.6  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.509449  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1113  methionyl-tRNA synthetase  24.56 
 
 		 703 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1834  methionyl-tRNA synthetase  25.64 
 
 		 688 aa  92.4  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.726687  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2825  methionyl-tRNA synthetase  23.12 
 
 		 690 aa  92  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2601  methionyl-tRNA synthetase  24.1 
 
 		 717 aa  92  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4561  methionyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 611 aa  91.7  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1367  methionyl-tRNA synthetase  25.5 
 
 		 704 aa  91.3  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00459582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7066  methionyl-tRNA synthetase  24.81 
 
 		 693 aa  90.9  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.842095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0976  methionyl-tRNA synthetase  24.17 
 
 		 600 aa  90.5  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000127359  normal  0.0415567 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0979  methionyl-tRNA synthetase  23.58 
 
 		 599 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.625182  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1011  methionyl-tRNA synthetase  22.39 
 
 		 702 aa  89  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.493296  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0083  methionyl-tRNA synthetase  22.96 
 
 		 702 aa  88.2  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158203  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4070  methionyl-tRNA synthetase  24.69 
 
 		 605 aa  87.4  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0808  methionyl-tRNA synthetase  23.57 
 
 		 705 aa  86.3  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2795  methionyl-tRNA synthetase  27.32 
 
 		 670 aa  85.5  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1856  methionyl-tRNA synthetase  23.27 
 
 		 686 aa  84.7  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00031284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0447  methionyl-tRNA synthetase  23.15 
 
 		 714 aa  84.3  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.381782 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2532  methionyl-tRNA synthetase  23.8 
 
 		 514 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2914  methionyl-tRNA synthetase  22.82 
 
 		 697 aa  83.6  0.000000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.743177  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0586  methionyl-tRNA synthetase  24.3 
 
 		 605 aa  83.6  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0301  methionyl-tRNA synthetase  20.91 
 
 		 550 aa  83.2  0.000000000000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0520884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>