More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3273 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6318  Methionine--tRNA ligase  59.85 
 
 		 662 aa  780    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1044  methionine--tRNA ligase  66.31 
 
 		 671 aa  865    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.120671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3089  Methionine--tRNA ligase  55.35 
 
 		 749 aa  729    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.107488  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3273  methionyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 662 aa  1347    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.433163 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4208  Methionine--tRNA ligase  31.25 
 
 		 645 aa  273  8.000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0857223  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0570  methionine--tRNA ligase  32.44 
 
 		 659 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.755013 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1834  methionyl-tRNA synthetase  26.11 
 
 		 688 aa  201  3e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.726687  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04125  methionyl-tRNA synthetase  26.18 
 
 		 690 aa  194  6e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0255166  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0857  methionyl-tRNA synthetase  26.23 
 
 		 711 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2689  methionyl-tRNA synthetase  25.49 
 
 		 689 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.404037 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1277  hypothetical protein  25.05 
 
 		 557 aa  184  5.0000000000000004e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0125783 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2662  Methionine--tRNA ligase  30.43 
 
 		 542 aa  182  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2149  methionine--tRNA ligase  33.08 
 
 		 536 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.147199 
 
 
-
 
NC_002950  PG0170  methionyl-tRNA synthetase  26.87 
 
 		 680 aa  181  4.999999999999999e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3624  Methionine--tRNA ligase  32.14 
 
 		 513 aa  176  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1471  methionyl-tRNA synthetase  25.19 
 
 		 682 aa  171  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1159  methionyl-tRNA synthetase  26.02 
 
 		 570 aa  170  7e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5898  methionyl-tRNA synthetase  28.06 
 
 		 565 aa  170  9e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.41818 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0083  methionyl-tRNA synthetase  25.05 
 
 		 702 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.158203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1317  methionyl-tRNA synthetase  26.2 
 
 		 570 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0492827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2630  methionyl-tRNA synthetase  26.39 
 
 		 577 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.285635  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1367  methionyl-tRNA synthetase  25.33 
 
 		 704 aa  164  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00459582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1403  methionyl-tRNA synthetase  24.95 
 
 		 705 aa  162  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.349899  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05440  methionyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 		 540 aa  163  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.220303  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2956  methionyl-tRNA synthetase  24.77 
 
 		 691 aa  161  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.570356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2749  methionyl-tRNA synthetase  30.15 
 
 		 499 aa  161  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0342203  normal  0.0114918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2964  hypothetical protein  30.29 
 
 		 494 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07748  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0094  methionyl-tRNA synthetase  24.32 
 
 		 734 aa  159  1e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.168493  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1197  methionyl-tRNA synthetase  24.39 
 
 		 700 aa  159  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1113  methionyl-tRNA synthetase  26.35 
 
 		 703 aa  158  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1568  methionyl-tRNA synthetase  28.1 
 
 		 699 aa  157  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1779  methionyl-tRNA synthetase  27.57 
 
 		 565 aa  157  8e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.368344  normal  0.651092 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0346  methionyl-tRNA synthetase  25.79 
 
 		 567 aa  156  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1190  methionyl-tRNA synthetase  26.27 
 
 		 702 aa  154  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.975612  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0283  methionyl-tRNA synthetase  28.96 
 
 		 531 aa  151  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0389  methionyl-tRNA synthetase  25.29 
 
 		 606 aa  150  5e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0979  methionyl-tRNA synthetase  25.42 
 
 		 599 aa  150  7e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.625182  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0722  methionyl-tRNA synthetase  26.23 
 
 		 600 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000318448 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0780  methionyl-tRNA synthetase  26.31 
 
 		 603 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.207529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0388  methionyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 		 553 aa  148  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0335428  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0368  methionyl-tRNA synthetase  25.58 
 
 		 553 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000165751  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1011  methionyl-tRNA synthetase  24.77 
 
 		 702 aa  148  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.493296  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_331  methionyl-tRNA synthetase  25.19 
 
 		 553 aa  147  9e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00222615  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1186  methionyl-tRNA synthetase  24.95 
 
 		 702 aa  146  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8622  tRNA synthetase class I (I, L, M and V)  25.38 
 
 		 593 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0301  methionyl-tRNA synthetase  26.87 
 
 		 550 aa  144  4e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0520884  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4070  methionyl-tRNA synthetase  25.83 
 
 		 605 aa  144  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0615  methionyl-tRNA synthetase  23.13 
 
 		 565 aa  144  4e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3011  methionyl-tRNA synthetase  24.85 
 
 		 592 aa  144  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.980202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0888  methionyl-tRNA synthetase  24.81 
 
 		 669 aa  144  7e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03104  methionyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 		 496 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.415534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0625  methionyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 663 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1818  methionyl-tRNA synthetase  28.42 
 
 		 496 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1337  methionyl-tRNA synthetase  26.42 
 
 		 663 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1347  methionyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 663 aa  140  6e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.511485  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1827  methionyl-tRNA synthetase  23.9 
 
 		 572 aa  140  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.612028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7066  methionyl-tRNA synthetase  25.52 
 
 		 693 aa  140  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.842095  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5177  methionyl-tRNA synthetase  25.18 
 
 		 544 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0067  methionyl-tRNA synthetase  25.3 
 
 		 544 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1531  methionyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 		 617 aa  140  7.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0743167  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2622  methionyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 		 680 aa  140  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.931885  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0574  methionyl-tRNA synthetase  24.81 
 
 		 696 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0911876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2037  methionyl-tRNA synthetase  24.08 
 
 		 592 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.509449  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0976  methionyl-tRNA synthetase  25.92 
 
 		 600 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000127359  normal  0.0415567 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1328  methionyl-tRNA synthetase  24.48 
 
 		 663 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1256  methionine--tRNA ligase  26.84 
 
 		 625 aa  138  4e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5192  methionyl-tRNA synthetase  24.94 
 
 		 544 aa  138  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01380  methionyl-tRNA synthetase (AFU_orthologue; AFUA_1G09010)  24.13 
 
 		 658 aa  137  5e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0619  methionyl-tRNA synthetase  24.21 
 
 		 672 aa  137  5e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4903  methionyl-tRNA synthetase  23.77 
 
 		 544 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5278  methionyl-tRNA synthetase  23.77 
 
 		 544 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5147  methionyl-tRNA synthetase  24.2 
 
 		 544 aa  137  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5183  methionyl-tRNA synthetase  25.36 
 
 		 544 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0820  methionyl-tRNA synthetase  26.28 
 
 		 662 aa  137  7.000000000000001e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.816271 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4747  methionyl-tRNA synthetase  24.7 
 
 		 544 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2601  methionyl-tRNA synthetase  27.92 
 
 		 717 aa  136  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0902  methionyl-tRNA synthetase  25.95 
 
 		 597 aa  136  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.320514  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0963  methionyl-tRNA synthetase  22.2 
 
 		 551 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000994373 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4862  methionyl-tRNA synthetase  25.12 
 
 		 544 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0136  methionyl-tRNA synthetase  24.73 
 
 		 582 aa  133  9e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03320  methionyl-tRNA synthetase  24.95 
 
 		 600 aa  133  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1945  methionyl-tRNA synthetase  28.22 
 
 		 519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0586  methionyl-tRNA synthetase  24.9 
 
 		 605 aa  132  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2197  methionyl-tRNA synthetase  22.51 
 
 		 573 aa  132  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0808  methionyl-tRNA synthetase  27.04 
 
 		 705 aa  131  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1787  methionyl-tRNA synthetase  27.3 
 
 		 678 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000218059  normal  0.016435 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3666  methionyl-tRNA synthetase  28.73 
 
 		 486 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32490  methionyl-tRNA synthetase  24.48 
 
 		 595 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2013  methionyl-tRNA synthetase  24.63 
 
 		 664 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1826  methionyl-tRNA synthetase  25.14 
 
 		 718 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0136637  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2437  methionyl-tRNA synthetase  25.14 
 
 		 718 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116232  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2825  methionyl-tRNA synthetase  22.88 
 
 		 690 aa  130  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1063  methionyl-tRNA synthetase  23.34 
 
 		 793 aa  130  9.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1747  methionyl-tRNA synthetase  25.28 
 
 		 569 aa  130  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.733283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5768  methionyl-tRNA synthetase  25.27 
 
 		 720 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145693  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17560  methionyl-tRNA synthetase  24.43 
 
 		 599 aa  130  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0814812  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0543  methionyl-tRNA synthetase  26.11 
 
 		 710 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76328  methionyl tRNA synthetase  22.7 
 
 		 757 aa  129  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2442  methionyl-tRNA synthetase  24.95 
 
 		 716 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000739386  normal  0.856672 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3145  methionyl-tRNA synthetase  23.19 
 
 		 570 aa  127  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.433587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>