More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3793 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 253 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.17 
 
 		 253 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.79 
 
 		 253 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.19 
 
 		 253 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  77.47 
 
 		 253 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 		 255 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 		 258 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  48.06 
 
 		 260 aa  245  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  48.46 
 
 		 260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 		 251 aa  244  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 		 260 aa  241  9e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  46.9 
 
 		 260 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 		 257 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 		 256 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 		 250 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  232  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 		 263 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 		 259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 		 263 aa  224  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  49.59 
 
 		 258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 		 258 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 		 253 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  49.19 
 
 		 258 aa  218  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 		 260 aa  215  7e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  47.13 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  48.15 
 
 		 258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  47.13 
 
 		 261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  46.59 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  46.59 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  50.99 
 
 		 255 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.38 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  48.98 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  48.98 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  48.98 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  48.97 
 
 		 258 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  49.39 
 
 		 260 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.69 
 
 		 253 aa  201  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  48.97 
 
 		 258 aa  201  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 		 258 aa  197  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  47.54 
 
 		 259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 		 259 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 		 281 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 255 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 255 aa  175  8e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.87 
 
 		 248 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 254 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 257 aa  169  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.96 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.24 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 256 aa  165  5e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 		 254 aa  165  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 255 aa  164  9e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 256 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.49 
 
 		 251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  39.44 
 
 		 260 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_002936  DET0736  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.69 
 
 		 264 aa  160  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00191984  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.89 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 265 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 		 255 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.15 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.36 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 		 251 aa  158  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.3 
 
 		 255 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 		 263 aa  158  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.08 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>