More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0366 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
618 aa  1251    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  60.8 
 
 
529 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  60.49 
 
 
490 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.54 
 
 
936 aa  452  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.03 
 
 
926 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.78 
 
 
1053 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.65 
 
 
1105 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.36 
 
 
1076 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.97 
 
 
1193 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.31 
 
 
926 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.15 
 
 
1050 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  54.26 
 
 
933 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  50.99 
 
 
936 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.38 
 
 
913 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  51.78 
 
 
761 aa  382  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  49.39 
 
 
754 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  45.4 
 
 
909 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.07 
 
 
921 aa  360  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.05 
 
 
810 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.97 
 
 
655 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.45 
 
 
1036 aa  351  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.48 
 
 
743 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.75 
 
 
673 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
1036 aa  339  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.42 
 
 
966 aa  339  9e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.61 
 
 
1651 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.15 
 
 
734 aa  337  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  48.83 
 
 
812 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.95 
 
 
1631 aa  333  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
589 aa  332  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
589 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 
1646 aa  332  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.53 
 
 
740 aa  331  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.53 
 
 
789 aa  329  8e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.96 
 
 
781 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.49 
 
 
732 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.29 
 
 
905 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  43.41 
 
 
611 aa  325  1e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  42.24 
 
 
573 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  43.41 
 
 
611 aa  325  1e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.12 
 
 
814 aa  325  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  43.96 
 
 
611 aa  325  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.22 
 
 
949 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  43.18 
 
 
611 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  43.18 
 
 
611 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  43.18 
 
 
611 aa  323  6e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.88 
 
 
589 aa  323  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.88 
 
 
589 aa  323  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  44.96 
 
 
949 aa  323  8e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.41 
 
 
943 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.71 
 
 
588 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.27 
 
 
789 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.27 
 
 
789 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.66 
 
 
571 aa  320  3e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 
864 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 
762 aa  320  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.92 
 
 
548 aa  319  9e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.3 
 
 
818 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 
812 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.72 
 
 
741 aa  317  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.53 
 
 
807 aa  316  7e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.62 
 
 
887 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  43.03 
 
 
646 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  44.97 
 
 
416 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
1086 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.67 
 
 
625 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  46.17 
 
 
539 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  45.24 
 
 
1086 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  44.71 
 
 
1065 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  43.93 
 
 
676 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 
922 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.97 
 
 
1092 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 
957 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 
782 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.18 
 
 
1215 aa  310  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  46.15 
 
 
743 aa  310  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.95 
 
 
827 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.62 
 
 
1381 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 
807 aa  309  9e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  45.69 
 
 
726 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  43.42 
 
 
646 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.18 
 
 
1065 aa  307  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
890 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 
889 aa  306  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.98 
 
 
1089 aa  306  8.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 
999 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.33 
 
 
1050 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  45 
 
 
533 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  40.08 
 
 
733 aa  303  5.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
858 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.48 
 
 
977 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.76 
 
 
727 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 
998 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.81 
 
 
1022 aa  303  8.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  44.9 
 
 
673 aa  302  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  45 
 
 
533 aa  302  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.4 
 
 
632 aa  302  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.84 
 
 
622 aa  301  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 
939 aa  301  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.71 
 
 
1095 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>