234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2480 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 388 aa  776    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  93.3 
 
 		 388 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  85.05 
 
 		 388 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  78.09 
 
 		 388 aa  617  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  71.76 
 
 		 389 aa  546  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  71.17 
 
 		 390 aa  536  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  70.18 
 
 		 389 aa  532  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  41.37 
 
 		 388 aa  257  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  41.5 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  39.89 
 
 		 389 aa  248  9e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  38.02 
 
 		 386 aa  247  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  39.33 
 
 		 389 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  39.33 
 
 		 389 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  38.58 
 
 		 405 aa  232  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  32.22 
 
 		 416 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  32.28 
 
 		 402 aa  193  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  33.43 
 
 		 388 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  31.98 
 
 		 402 aa  188  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  31.69 
 
 		 402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  30.21 
 
 		 390 aa  180  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  31.46 
 
 		 393 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  29.88 
 
 		 396 aa  175  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  31.96 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  30.47 
 
 		 399 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  30.43 
 
 		 373 aa  165  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  32.41 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  31.85 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 379 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  31.17 
 
 		 386 aa  121  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  27.17 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  26.27 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  27.33 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  26.48 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  26.21 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  26.21 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  27.83 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  27.97 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  29.15 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  28.84 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  28.53 
 
 		 371 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  25.87 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  23.61 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  24.04 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  25.62 
 
 		 418 aa  73.2  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  27.32 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  30.68 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  25.85 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  26.15 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  26.15 
 
 		 383 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  23.61 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  28.76 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  25.53 
 
 		 391 aa  67  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 367 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  26.1 
 
 		 388 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.68 
 
 		 399 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  26.54 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  25.23 
 
 		 371 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  23.17 
 
 		 495 aa  64.3  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  26.29 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  28.81 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.11 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  23.93 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.57 
 
 		 792 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  23.22 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  24.13 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  27.64 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  24.18 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  23.38 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  28.51 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  23.05 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  24.91 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  30.05 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  24.8 
 
 		 478 aa  59.7  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02661  putative permease, YjgP/YjgQ family  25.5 
 
 		 360 aa  59.3  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  23.93 
 
 		 373 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  26.22 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  28.99 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  23.47 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.24 
 
 		 366 aa  58.9  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  24.79 
 
 		 443 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  28.74 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  26.41 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  25.58 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  25.52 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  24.39 
 
 		 339 aa  57  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  25.71 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  23.41 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  26.19 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3065  permease YjgP/YjgQ family protein  27.81 
 
 		 396 aa  55.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2421 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  23.62 
 
 		 358 aa  55.5  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  28.35 
 
 		 363 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  23.81 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  28.35 
 
 		 363 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  25.12 
 
 		 403 aa  54.3  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 358 aa  54.7  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  26.75 
 
 		 444 aa  54.3  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  26.64 
 
 		 360 aa  53.9  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>