More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1370 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1370  transcriptional regulator IclR-like protein  100 
 
 		 512 aa  1039    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874129  normal  0.612031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2985  regulatory proteins, IclR  46.68 
 
 		 516 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 256 aa  83.2  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2981  transcriptional regulator, IclR family  29.51 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 293 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 264 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2316  IclR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.812394  normal  0.959704 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 		 278 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  28.83 
 
 		 271 aa  72.8  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 		 272 aa  72.8  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  25.6 
 
 		 256 aa  72.4  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 274 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1941  IclR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000383079  normal  0.111548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0314  transcriptional regulator IclR-like protein  29.01 
 
 		 269 aa  72  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2575  transcriptional regulator, IclR family  28.97 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  28.41 
 
 		 262 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3974  transcriptional regulator, IclR family  26.58 
 
 		 266 aa  69.3  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.482822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0824  transcriptional regulator, IclR family  27.01 
 
 		 264 aa  69.7  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  30.25 
 
 		 254 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 260 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  28.85 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  32.54 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  27.19 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  31.28 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  32.88 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0194  transcriptional regulator, IclR family  30.49 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0903072  decreased coverage  0.000072825 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  26.23 
 
 		 251 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 271 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  31.68 
 
 		 253 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2407  IclR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  30.43 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  27.54 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  32.87 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  26.72 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  26.28 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0808  transcriptional regulator, IclR family  38.3 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  26.14 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0813  transcriptional regulator, IclR family  24.41 
 
 		 249 aa  62.4  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.225314  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 258 aa  62  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2799  transcriptional regulator, IclR family  32.35 
 
 		 256 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  32.17 
 
 		 255 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  29.8 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4879  transcriptional regulator, IclR family  28.99 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  27.59 
 
 		 251 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3341  IclR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  31.76 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0978  IclR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0639197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  28.5 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4019  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  30.41 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4374  transcriptional regulator, IclR family  31.45 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0433228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1008  regulatory proteins, IclR  33.68 
 
 		 133 aa  60.5  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0609886  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  28.16 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26680  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0674048  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  30.15 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  24.55 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2670  transcriptional regulator, IclR family  27.5 
 
 		 252 aa  60.1  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  29.8 
 
 		 275 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0947  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 258 aa  59.7  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.264338 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2238  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 251 aa  59.7  0.0000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.399676  normal  0.216558 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3497  IclR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 265 aa  59.3  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  30.77 
 
 		 267 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2392  transcriptional regulator, IclR family  31.58 
 
 		 256 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4784  transcriptional regulator, IclR family  29.59 
 
 		 257 aa  58.9  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.820047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  25.13 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0501  transcriptional regulator, IclR family  35.19 
 
 		 254 aa  59.3  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 260 aa  59.3  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  30.82 
 
 		 258 aa  59.3  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  26.77 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3416  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 		 257 aa  58.9  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  28.89 
 
 		 254 aa  58.9  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  25.82 
 
 		 257 aa  58.9  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1222  transcriptional regulator, IclR family  28.12 
 
 		 244 aa  58.9  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0340  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>