More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0800 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  54.22 
 
 		 260 aa  261  6.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  46.06 
 
 		 257 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  41.67 
 
 		 254 aa  192  6e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  40.56 
 
 		 254 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  40.91 
 
 		 260 aa  175  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  41.2 
 
 		 254 aa  175  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  36.93 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  43.89 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  42.92 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  38.68 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  42.74 
 
 		 275 aa  162  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  40.48 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  40.36 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  42.11 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 275 aa  155  8e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  40.87 
 
 		 258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 250 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 269 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 250 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 		 250 aa  141  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.84 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 299 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  35.48 
 
 		 259 aa  123  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 261 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3341  IclR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.16 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.53 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 262 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  33.05 
 
 		 277 aa  115  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  32.54 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  32.35 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  30.8 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  30.8 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  30.8 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  32.62 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  31.05 
 
 		 249 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  31.09 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  27.8 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  32.08 
 
 		 277 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  30.9 
 
 		 274 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  31.09 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  31.76 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  32.48 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  30.32 
 
 		 303 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 267 aa  108  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  30.47 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  33.8 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  28.91 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5059  transcriptional regulator IclR-like protein  32.67 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.487025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  29.95 
 
 		 257 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.86 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  28.86 
 
 		 265 aa  106  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 262 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.86 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 275 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.86 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.86 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 263 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  28.52 
 
 		 263 aa  105  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 268 aa  105  8e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 274 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>