More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2991 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2991  response regulator receiver protein  100 
 
 		 138 aa  279  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  37.04 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  39.6 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1735  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  39 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0684  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 456 aa  67.4  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6212  response regulator receiver protein  36.63 
 
 		 177 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392664  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0639  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 455 aa  67  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  31.71 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2488  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365206  normal  0.13004 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2569  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.929319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  36.11 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2780  response regulator receiver protein  38 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2557  response regulator receiver  38 
 
 		 194 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  35.78 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 926 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 		 457 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0673  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 		 458 aa  63.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 123 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 717 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  35.61 
 
 		 695 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  33.93 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.63 
 
 		 133 aa  62  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  33.04 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.35 
 
 		 466 aa  62  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 705 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  36.27 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0989  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.016967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  36 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 182 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  36.28 
 
 		 529 aa  60.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 752 aa  60.8  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5284  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 717 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6741  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 728 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7092  response regulator receiver protein  37.86 
 
 		 196 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08524  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  36 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5650  response regulator receiver protein  36.94 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343299  normal  0.64647 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2320  response regulator receiver protein  28.07 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.632565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  33.64 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 819 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  36.04 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0073  response regulator receiver protein  34 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1176  hypothetical protein  32.48 
 
 		 442 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1182  hypothetical protein  32.48 
 
 		 442 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  33.65 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 858 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2092  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 462 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 		 1022 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  31.25 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 551 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 		 707 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  31.07 
 
 		 180 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4740  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 556 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 741 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  29.27 
 
 		 459 aa  57  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 451 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 695 aa  57  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  31.62 
 
 		 695 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 845 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 		 650 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 887 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4041  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.557093  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 		 451 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 689 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 556 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 465 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0460  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.903697  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 732 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1829  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  31.34 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 		 740 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 		 926 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 451 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 462 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144471  normal  0.173796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  34.4 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0966  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 746 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.783688 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3110  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568252  normal  0.771305 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1991  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.06 
 
 		 357 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2101  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.34 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  32.38 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2031  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.34 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.306573  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  33.33 
 
 		 538 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  35.92 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 458 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 		 573 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1426  response regulator receiver protein  29.2 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  34.09 
 
 		 538 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1503  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156189  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 		 1014 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>