More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3512 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3512  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 222 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.492486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4045  LuxR family transcriptional regulator  82.69 
 
 		 208 aa  357  8e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4356  response regulator receiver protein  60 
 
 		 195 aa  246  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.228643 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4915  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  34.31 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2088  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.96 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  42.47 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.47 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.1 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2116  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 249 aa  55.1  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0394214  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2120  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0535979  normal  0.194929 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  45.9 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 239 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  35.78 
 
 		 253 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  34.29 
 
 		 248 aa  53.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 235 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 254 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2317  hypothetical protein  41.67 
 
 		 267 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 781 aa  53.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  37.88 
 
 		 232 aa  52.4  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 		 237 aa  52.4  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 232 aa  52.8  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0432  LuxR family DNA-binding response regulator  37.88 
 
 		 232 aa  52.4  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00543066  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  42.47 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  38.96 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 82 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 82 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 		 244 aa  52  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  33.33 
 
 		 248 aa  52  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  36.05 
 
 		 204 aa  52  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  42.47 
 
 		 207 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1857  LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 82 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00288103  normal  0.0218384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  44.26 
 
 		 254 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 954 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  43.84 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  35.82 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 242 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0642  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  36.36 
 
 		 247 aa  50.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.08 
 
 		 867 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  46.88 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  41.1 
 
 		 233 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.6 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 201 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  31.91 
 
 		 244 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  26.29 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  30.89 
 
 		 241 aa  49.7  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 201 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 		 237 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  36.99 
 
 		 237 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>