More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2074 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 255 aa  518  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  95.29 
 
 		 255 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  95.29 
 
 		 255 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  92.16 
 
 		 255 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  87.84 
 
 		 255 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  87.45 
 
 		 255 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  88.63 
 
 		 255 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  88.63 
 
 		 255 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  89.02 
 
 		 255 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  88.24 
 
 		 255 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  73.23 
 
 		 256 aa  387  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  73.31 
 
 		 253 aa  386  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  69.8 
 
 		 256 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  69.32 
 
 		 253 aa  367  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  69.32 
 
 		 253 aa  365  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  71.97 
 
 		 254 aa  358  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  67.84 
 
 		 256 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  67.2 
 
 		 254 aa  353  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 		 254 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 260 aa  352  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  66 
 
 		 254 aa  350  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  66 
 
 		 254 aa  350  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  66 
 
 		 254 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  66 
 
 		 254 aa  348  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  67.45 
 
 		 256 aa  347  9e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  64.8 
 
 		 254 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  65.6 
 
 		 254 aa  344  8e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 		 254 aa  343  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  65.2 
 
 		 254 aa  343  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  64.43 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  64.4 
 
 		 254 aa  340  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 		 252 aa  295  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 		 257 aa  253  2.0000000000000002e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 		 262 aa  209  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 		 257 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  41.37 
 
 		 257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 257 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 		 254 aa  188  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 		 254 aa  185  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 		 254 aa  184  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.77 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 255 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 255 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.18 
 
 		 249 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 255 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 260 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 		 254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4002  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 		 255 aa  162  6e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.97 
 
 		 256 aa  161  8.000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05340  d-arabinitol 2-dehydrogenase, putative  37.55 
 
 		 355 aa  160  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.656485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.092297  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 258 aa  159  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 		 252 aa  158  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 		 280 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 		 256 aa  158  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.679582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 255 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 		 248 aa  156  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 258 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 255 aa  155  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.14 
 
 		 247 aa  155  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.29 
 
 		 255 aa  155  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 		 265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.39 
 
 		 260 aa  155  6e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 256 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 263 aa  154  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 257 aa  155  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>