More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0534 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 367 aa  754    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  50.58 
 
 		 359 aa  366  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  46.88 
 
 		 373 aa  359  3e-98  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  47.4 
 
 		 359 aa  346  4e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  47.08 
 
 		 365 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  44.14 
 
 		 368 aa  320  3.9999999999999996e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  42.58 
 
 		 370 aa  311  1e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  43.05 
 
 		 377 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  44.09 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  40.87 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  34.38 
 
 		 387 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 369 aa  203  4e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.66 
 
 		 370 aa  196  8.000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.88 
 
 		 363 aa  195  1e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.33 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 365 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.4 
 
 		 371 aa  181  2e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.25 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.12 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.02 
 
 		 370 aa  179  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.02 
 
 		 370 aa  179  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.35 
 
 		 366 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.65 
 
 		 372 aa  178  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.64 
 
 		 369 aa  176  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  30.95 
 
 		 364 aa  176  5e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  31.9 
 
 		 362 aa  176  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.1 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.5 
 
 		 373 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  30.92 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.27 
 
 		 361 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.27 
 
 		 361 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.13 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  30.64 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.25 
 
 		 370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.39 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  30.35 
 
 		 374 aa  164  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  25.69 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 369 aa  162  9e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.11 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  31.12 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.26 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.03 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  28.65 
 
 		 374 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  31.12 
 
 		 365 aa  160  5e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.86 
 
 		 370 aa  159  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.98 
 
 		 359 aa  159  5e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.55 
 
 		 376 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.11 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.69 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.42 
 
 		 359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  28.25 
 
 		 374 aa  151  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.12 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  30.54 
 
 		 363 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.33 
 
 		 381 aa  150  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.55 
 
 		 373 aa  149  7e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  29.8 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 		 392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  29.22 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.92 
 
 		 397 aa  145  9e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.21 
 
 		 371 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  25.41 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  29.2 
 
 		 390 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  24.94 
 
 		 386 aa  143  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.54 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  25.21 
 
 		 377 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.66 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.52 
 
 		 379 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.2 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  24.34 
 
 		 371 aa  139  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.76 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  24.54 
 
 		 380 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  24.48 
 
 		 376 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  24.27 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.34 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  24.27 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  26.91 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  24.47 
 
 		 414 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.65 
 
 		 369 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.06 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.01 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  23.38 
 
 		 389 aa  133  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  24.71 
 
 		 420 aa  132  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.26 
 
 		 398 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.75 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  24.32 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  26.3 
 
 		 390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  28.33 
 
 		 384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  25.2 
 
 		 402 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  22.91 
 
 		 399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  24.35 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>