More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3254 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  71 
 
 		 210 aa  271  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  68.47 
 
 		 210 aa  270  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  61.88 
 
 		 207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 206 aa  203  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2326  two component LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000518478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4040  two component LuxR family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 216 aa  191  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3606  two component LuxR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1452  two component LuxR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 210 aa  174  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2885  putative transcriptional regulator  47.18 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33920  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100556  normal  0.165827 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  46.91 
 
 		 220 aa  160  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 209 aa  122  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  35.03 
 
 		 222 aa  118  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  33.66 
 
 		 219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3975  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0482097  normal  0.237128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 218 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 208 aa  111  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  35.61 
 
 		 211 aa  111  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  37.07 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  36.19 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2408  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 219 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426941  normal  0.882432 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  36.19 
 
 		 213 aa  107  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 224 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4192  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.06 
 
 		 251 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.270399  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 209 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.58 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2941  two component LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80826  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.54 
 
 		 212 aa  106  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4220  response regulator receiver  35.18 
 
 		 244 aa  106  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.89842 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  36.18 
 
 		 211 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4590  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.18 
 
 		 244 aa  106  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590508  normal  0.147521 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  36.18 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 223 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 206 aa  106  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  34.69 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4801  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 212 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 220 aa  104  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4737  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 241 aa  104  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0133592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 223 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02260  Response regulator, LuxR family (CheY, HTH domains)  32.13 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  31.68 
 
 		 207 aa  102  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.96 
 
 		 220 aa  102  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 207 aa  102  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 220 aa  102  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2370  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  33.5 
 
 		 203 aa  102  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  31.31 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0801  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.8 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  32.69 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.88 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2614  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 222 aa  101  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 207 aa  101  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  32.34 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  31.1 
 
 		 221 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.12 
 
 		 223 aa  101  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  34.31 
 
 		 209 aa  101  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 223 aa  101  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 223 aa  101  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 221 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 220 aa  101  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 303 aa  101  8e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 218 aa  101  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  32.69 
 
 		 217 aa  101  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 218 aa  101  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 220 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>