More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1396 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 96 aa  194  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 252 aa  55.1  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 490 aa  54.7  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  40.54 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  45.45 
 
 		 489 aa  53.9  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  40.54 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  37.7 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 181 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  34.69 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  38.33 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 142 aa  51.2  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  43.64 
 
 		 124 aa  51.2  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  34.69 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 194 aa  51.2  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 377 aa  50.4  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 189 aa  50.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 181 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  35.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 478 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45.1 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  35.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 184 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  51.92 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1242  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 432 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0223131 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 201 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 490 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  34.33 
 
 		 182 aa  48.1  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 187 aa  48.5  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 		 201 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 182 aa  48.1  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  42.86 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 165 aa  47.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 232 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 211 aa  47.4  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  36.76 
 
 		 118 aa  47.4  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 218 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 175 aa  47.4  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 67 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 97 aa  47  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 234 aa  47  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 208 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 208 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 208 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 255 aa  47  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 134 aa  47  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 81 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 64 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  34.18 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 199 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 165 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>