More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4566 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  100 
 
 		 395 aa  754    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  59.72 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  59.72 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  62.45 
 
 		 291 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  63.24 
 
 		 303 aa  275  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  54.41 
 
 		 272 aa  252  9.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  55.88 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  50.71 
 
 		 293 aa  240  4e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  50.94 
 
 		 303 aa  234  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  52.9 
 
 		 290 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.7 
 
 		 291 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.71 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.36 
 
 		 290 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  48.54 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.62 
 
 		 314 aa  212  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  43.25 
 
 		 324 aa  212  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5289  regulator protein PecM  50.18 
 
 		 318 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25270  predicted permease, DMT superfamily  50.54 
 
 		 291 aa  205  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0088  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.39 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.529373  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  44 
 
 		 318 aa  193  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0391  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.45 
 
 		 287 aa  192  9e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.598398  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2279  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.57 
 
 		 301 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136903  normal  0.215844 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0070  carboxylate/amino acid/amine transporter  43.45 
 
 		 288 aa  186  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  42.58 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2764  hypothetical protein  49.23 
 
 		 310 aa  169  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.876324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.81 
 
 		 317 aa  167  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  46.06 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0151  putative transmembrane protein  50 
 
 		 309 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0551496  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.41 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.04 
 
 		 285 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2455  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.31 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0215  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.11 
 
 		 285 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000175088  normal  0.378069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4245  hypothetical protein  34.5 
 
 		 285 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000122262  hitchhiker  0.00219233 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3499  hypothetical protein  34.88 
 
 		 285 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4124  hypothetical protein  34.5 
 
 		 285 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000621435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0213  hypothetical protein  33.72 
 
 		 285 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223398  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3107  nitroreductase  53.54 
 
 		 211 aa  96.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3952  nitroreductase  49.49 
 
 		 211 aa  94.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0851769 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2158  NAD(P)H nitroreductase  51.09 
 
 		 204 aa  93.6  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3933  hypothetical protein  35.55 
 
 		 284 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000367698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8440  nitroreductase  48.48 
 
 		 205 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3735  hypothetical protein  35.55 
 
 		 284 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.486754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3806  hypothetical protein  35.55 
 
 		 284 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.305382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0154  putative nitroreductase  42.27 
 
 		 204 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2948  nitroreductase  49.45 
 
 		 214 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.5003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5169  nitroreductase  44 
 
 		 211 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1970  nitroreductase  47.83 
 
 		 204 aa  86.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4527  integral membrane domain-containing protein  34.51 
 
 		 284 aa  86.7  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  31.6 
 
 		 319 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  30.24 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  30.3 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1578  hypothetical protein  30.29 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3644  hypothetical protein  27.76 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0406  hypothetical protein  28.16 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1615  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.15 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2872  hypothetical protein  28.67 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  30.92 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2825  hypothetical protein  27.49 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.693217  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.68 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2114  hypothetical protein  32.62 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.254514 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3337  hypothetical protein  28.36 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.491654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  28.21 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.36 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5748  hypothetical protein  28.18 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1917  permease of the drug/metabolite transporter  27.33 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1240  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.51 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  29.21 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6765  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0325533  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5528  hypothetical protein  29.73 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.32 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.87 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12661  SMR family transporter PecM  30.3 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571261 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5303  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.36 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73277  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.3 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  31.29 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2495  hypothetical protein  28.86 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.939833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  25.5 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2817  hypothetical protein  28.21 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.813656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  29.82 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.44 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13801  SMR family transporter PecM  26.56 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3401  integral membrane protein  20.79 
 
 		 294 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.531981  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0398  hypothetical protein  34.08 
 
 		 319 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2410  hypothetical protein  24.49 
 
 		 305 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2561  hypothetical protein  31.42 
 
 		 314 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372127  normal  0.570077 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  26.27 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1832  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.429903  normal  0.305907 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2768  EamA family protein  23.61 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000452563  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.8 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.481619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0798  SMR family transporter PecM  28.38 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3405  transporter, EamA family  20.79 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1780  SMR family transporter-like protein  32.03 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0584  SMR family transporter PecM  32.34 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16531  SMR family transporter  28.38 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.724697 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.37 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2471  drug/metabolite exporter family protein  22.92 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2045  hypothetical protein  31.56 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.710395 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1141  hypothetical protein  28.8 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.432755  normal  0.40776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3174  EamA family protein  20.79 
 
 		 294 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3915  hypothetical protein  32.6 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.129104  normal  0.126529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>