274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2455 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  100 
 
 		 272 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  56.83 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  56.83 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  54.09 
 
 		 291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  54.41 
 
 		 395 aa  228  9e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  53.16 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  41.33 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.78 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  44.22 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.25 
 
 		 290 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.57 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  43.97 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  39.49 
 
 		 324 aa  177  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.04 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5289  regulator protein PecM  43.59 
 
 		 318 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  41.83 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0088  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.21 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.529373  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  41.77 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0070  carboxylate/amino acid/amine transporter  42.06 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25270  predicted permease, DMT superfamily  44.3 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  38.67 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0391  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.85 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.598398  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  44.36 
 
 		 346 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2279  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.18 
 
 		 301 aa  148  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136903  normal  0.215844 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  37.08 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.44 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.29 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2764  hypothetical protein  42.11 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.876324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.45 
 
 		 317 aa  116  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0151  putative transmembrane protein  47.08 
 
 		 309 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0551496  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0215  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.68 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000175088  normal  0.378069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4245  hypothetical protein  34.68 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000122262  hitchhiker  0.00219233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4124  hypothetical protein  34.68 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000621435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3499  hypothetical protein  34.96 
 
 		 285 aa  92.4  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0213  hypothetical protein  34.27 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223398  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4527  integral membrane domain-containing protein  35.12 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3933  hypothetical protein  34.15 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000367698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2455  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.25 
 
 		 362 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  30.24 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3735  hypothetical protein  34.71 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.486754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3806  hypothetical protein  34.71 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.305382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3337  hypothetical protein  27.2 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.491654 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  27.24 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3644  hypothetical protein  27.27 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  29.02 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12661  SMR family transporter PecM  30 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  31.58 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  30.1 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1578  hypothetical protein  30.12 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664968  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4198  hypothetical protein  28.08 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00727451  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3529  hypothetical protein  27.3 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1447  hypothetical protein  28.45 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16531  SMR family transporter  28.07 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.724697 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4236  putative transport protein  30.53 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172586  normal  0.870652 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0593  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.33 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0798  SMR family transporter PecM  28.07 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  26.23 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1571  hypothetical protein  23.53 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.358849 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  23.49 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  25.56 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1925  hypothetical protein  27.04 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.88 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2561  hypothetical protein  28.23 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372127  normal  0.570077 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  27.1 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.28 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  25.63 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1183  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.13 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2354  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.75 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.165015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8212  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.56 
 
 		 303 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2179  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.03 
 
 		 310 aa  54.7  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1095  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.86 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000428638  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0398  hypothetical protein  31.07 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2383  hypothetical protein  28.18 
 
 		 299 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.91 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.6 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1406  hypothetical protein  24.03 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.520748  normal  0.479385 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  27.62 
 
 		 319 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2114  hypothetical protein  27.1 
 
 		 314 aa  53.1  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.254514 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0924  hypothetical protein  29.66 
 
 		 306 aa  53.1  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3217  membrane protein  27.11 
 
 		 395 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000559917  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1225  hypothetical protein  29.66 
 
 		 306 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.157758  normal  0.931863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.29 
 
 		 312 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1240  protein of unknown function DUF6 transmembrane  21.92 
 
 		 290 aa  53.5  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4402  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.72 
 
 		 335 aa  53.5  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2044  ABC transporter membrane spanning protein  28.78 
 
 		 304 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1638  hypothetical protein  27.84 
 
 		 321 aa  52.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.350443 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0008  drug/metabolite exporter (DME) family protein  27.84 
 
 		 321 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2495  hypothetical protein  27.46 
 
 		 336 aa  52.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.939833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  23.4 
 
 		 305 aa  52.4  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3163  integral membrane protein  25.56 
 
 		 296 aa  52  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.08673  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003645  permease  23.61 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3202  integral membrane protein  25.56 
 
 		 296 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.1 
 
 		 349 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1141  hypothetical protein  25.93 
 
 		 306 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.432755  normal  0.40776 
 
 
-
 
NC_003296  RS01764  hypothetical protein  29.13 
 
 		 300 aa  51.6  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664216  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1980  hypothetical protein  27.05 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.463491  normal  0.74257 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3728  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.03 
 
 		 324 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.952098  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1055  hypothetical protein  22.05 
 
 		 296 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2702  hypothetical protein  25.56 
 
 		 316 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.475299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>