More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3324 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 
299 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2911  hypothetical protein  80.94 
 
 
299 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.100063 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  78.26 
 
 
299 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2383  hypothetical protein  64.21 
 
 
299 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  55.33 
 
 
299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  52.92 
 
 
298 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4236  putative transport protein  62.08 
 
 
297 aa  295  9e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172586  normal  0.870652 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8212  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.23 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2852  hypothetical protein  30.92 
 
 
304 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4618  hypothetical protein  32.71 
 
 
298 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3051  hypothetical protein  30.53 
 
 
294 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0367  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.4 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4057  hypothetical protein  29.88 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.365603  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3402  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.88 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.418802  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4695  hypothetical protein  31.84 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.658127  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1789  hypothetical protein  24.48 
 
 
301 aa  85.9  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000223486  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0215  hypothetical protein  30.84 
 
 
334 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1999  EamA family protein  24.48 
 
 
301 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.099067  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0825  hypothetical protein  29.2 
 
 
283 aa  82.8  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1734  drug/metabolite exporter family protein  24.14 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000184981  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3424  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  24.48 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000803671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.15 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1777  EamA family protein  24.14 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00180942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1756  drug/metabolite exporter family protein  24.14 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1951  transporter, EamA family  24.14 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000452263 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1915  eama family protein  24.14 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0191779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1919  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  24.48 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.208347  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2020  transporter, EamA family  24.56 
 
 
283 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000240822  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1011  hypothetical protein  30.18 
 
 
298 aa  77  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0158427  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  28.48 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  29.22 
 
 
293 aa  75.9  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2007  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.85 
 
 
303 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0578  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.88 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4618  hypothetical protein  27.43 
 
 
286 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1098  hypothetical protein  34.48 
 
 
305 aa  72.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100036  normal  0.664944 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  27.94 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.532448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1688  hypothetical protein  32.25 
 
 
286 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.757189 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0129  protein of unknown function DUF6 transmembrane  20.85 
 
 
283 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.83 
 
 
299 aa  72.4  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.511844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2592  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.82 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0684948  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  26.48 
 
 
301 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.568191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  26.48 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2038  hypothetical protein  28.62 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0716  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.25 
 
 
341 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.413764  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2356  hypothetical protein  28.98 
 
 
305 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469762  normal  0.368317 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4430  putative transporter  26.55 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1754  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.52 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.568137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4560  hypothetical protein  27.51 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00353788  normal  0.103037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2782  hypothetical protein  31.17 
 
 
286 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0548906  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4022  hypothetical protein  33.48 
 
 
303 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.486719 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.64 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0318  hypothetical protein  26.4 
 
 
304 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  24.13 
 
 
315 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7634  DMT family permease  29.28 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.48827 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2849  hypothetical protein  31.55 
 
 
286 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0679  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.25 
 
 
311 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  24.71 
 
 
321 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1383  hypothetical protein  31.93 
 
 
308 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0441  hypothetical protein  30 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.71 
 
 
312 aa  63.9  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0239  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.18 
 
 
296 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4020  DMT family permease  28.1 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000861601  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  29.82 
 
 
318 aa  63.2  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  27.47 
 
 
335 aa  62.8  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  24.88 
 
 
274 aa  62.4  0.000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0243  hypothetical protein  26.62 
 
 
312 aa  62.4  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100372  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4034  hypothetical protein  31.93 
 
 
308 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4527  hypothetical protein  31.51 
 
 
308 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  30.21 
 
 
303 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0523  hypothetical protein  26.12 
 
 
305 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.599851  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0410  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.27 
 
 
301 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200837  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0395  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.62 
 
 
301 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.01 
 
 
299 aa  60.1  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00133348  normal  0.499303 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  24.54 
 
 
305 aa  60.1  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1301  hypothetical protein  32.24 
 
 
294 aa  60.1  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.488706  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1001  hypothetical protein  25.49 
 
 
307 aa  59.7  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  29.24 
 
 
331 aa  59.7  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3033  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.58 
 
 
286 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0835297  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0568  DMT superfamily drug/metabolite efflux pump  29 
 
 
311 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0349448  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  27.88 
 
 
272 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  30.41 
 
 
292 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.4 
 
 
312 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  30.41 
 
 
293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  30.41 
 
 
293 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2759  hypothetical protein  29.54 
 
 
303 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0228  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.79 
 
 
296 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3388  hypothetical protein  29.9 
 
 
321 aa  57  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0519  hypothetical protein  26.09 
 
 
301 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0144274 
 
 
-
 
NC_003296  RS01886  hypothetical protein  26.33 
 
 
292 aa  57  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  28.14 
 
 
321 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.27 
 
 
312 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  28.78 
 
 
324 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2654  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.45 
 
 
296 aa  56.6  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5619  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.83 
 
 
348 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.226332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>