More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3034 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  84.28 
 
 		 299 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.92 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  52.19 
 
 		 299 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2911  hypothetical protein  52.78 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.100063 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2383  hypothetical protein  54.85 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4236  putative transport protein  50.72 
 
 		 297 aa  262  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172586  normal  0.870652 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8212  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.66 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2852  hypothetical protein  28.78 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3402  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.91 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.418802  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4057  hypothetical protein  28.52 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.365603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0367  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.16 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3051  hypothetical protein  26.98 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4618  hypothetical protein  28.73 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.32 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0215  hypothetical protein  28.37 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2356  hypothetical protein  32.73 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469762  normal  0.368317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0825  hypothetical protein  26.02 
 
 		 283 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  32.58 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  29.01 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.34 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.511844  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4695  hypothetical protein  28.09 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.658127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  30.86 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  28.32 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4430  putative transporter  27.96 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3287  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.11 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4618  hypothetical protein  27.72 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  25.09 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2796  hypothetical protein  28.88 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1098  hypothetical protein  32.95 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100036  normal  0.664944 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  30.36 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  28.37 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  27.6 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.532448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1011  hypothetical protein  30.91 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0158427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.568191 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  27.6 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.78 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  29.79 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1447  hypothetical protein  29.07 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23861  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  25.45 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  25.99 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1754  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.27 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.568137  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  28.2 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  25.09 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  27.05 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  22.92 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  31.58 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50670  hypothetical protein  28.91 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0191207 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  30.23 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  28.64 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1390  DMT family permease  28.21 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.526899  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  27.89 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2038  hypothetical protein  25.95 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0056  hypothetical protein  28.21 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0122515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  27.34 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  27.68 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4560  hypothetical protein  26.28 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00353788  normal  0.103037 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  29.95 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0410  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.92 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4318  hypothetical protein  28.37 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3556  hypothetical protein  27.78 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0239  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.02 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0301  hypothetical protein  30.2 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000637282  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  27.34 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  27.43 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0395  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.92 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  27.43 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01764  hypothetical protein  27.94 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664216  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  28.63 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  32.52 
 
 		 307 aa  60.1  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4446  hypothetical protein  28.11 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.602147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5985  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.77 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  26.26 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1406  hypothetical protein  28.43 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.520748  normal  0.479385 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.24 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1615  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.2 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  28.89 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.55 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6477  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.77 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.531293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  24.29 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1702  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.88 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.352845  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0679  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.44 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.83 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.65 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.481619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.37 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  35.15 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.654485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3927  hypothetical protein  27.08 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.18 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.174107  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1118  hypothetical protein  29.35 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.65286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  35.15 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0659  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.26 
 
 		 321 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10380  permease of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily  23.94 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000142725  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2949  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.86 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.106399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3864  hypothetical protein  27.52 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.209657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46200  hypothetical protein  27.44 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0349407  normal  0.0243238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>