More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4413 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  597  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  358  8e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 323 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 304 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  48.64 
 
 		 299 aa  261  6.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 305 aa  226  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  39.58 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 		 328 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  40.62 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 306 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.59 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 336 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 308 aa  188  9e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 332 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 308 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 329 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 317 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  37.59 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 343 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.73 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>