245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1924 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
360 aa  715    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  57.91 
 
 
365 aa  349  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  56.78 
 
 
360 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  52.29 
 
 
363 aa  315  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  50.68 
 
 
368 aa  298  8e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  50.43 
 
 
369 aa  280  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.25 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.43 
 
 
385 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.33 
 
 
395 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.87 
 
 
382 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.42 
 
 
386 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.34 
 
 
392 aa  132  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.51 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.56 
 
 
388 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.15 
 
 
392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.49 
 
 
371 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.17 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.41 
 
 
376 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.77 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.73 
 
 
376 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.73 
 
 
376 aa  110  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.88 
 
 
378 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.1 
 
 
373 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.07 
 
 
373 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.77 
 
 
377 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.32 
 
 
387 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.17 
 
 
379 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.87 
 
 
380 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.57 
 
 
373 aa  96.3  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.78 
 
 
387 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.78 
 
 
387 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  30.11 
 
 
466 aa  90.9  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.68 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  29.33 
 
 
479 aa  80.1  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  25.81 
 
 
431 aa  73.2  0.000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  24.49 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  22.87 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1677  histidyl-tRNA synthetase  28.43 
 
 
423 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038851 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  23.62 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0902  histidyl-tRNA synthetase 2  26.18 
 
 
395 aa  66.6  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.188473  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.06 
 
 
517 aa  66.2  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.86 
 
 
401 aa  66.2  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  22.16 
 
 
418 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  23.19 
 
 
418 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  25.47 
 
 
484 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2627  tRNA synthetase class II (G H P and S)  24.26 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000799306 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0291  histidyl-tRNA synthetase  22.29 
 
 
413 aa  63.9  0.000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  27.15 
 
 
484 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  27.56 
 
 
409 aa  63.2  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1384  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.43 
 
 
407 aa  63.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  29.67 
 
 
449 aa  63.2  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1354  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.43 
 
 
407 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  33.06 
 
 
408 aa  63.2  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  22.9 
 
 
418 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  25.21 
 
 
418 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  25.69 
 
 
439 aa  61.6  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  24.19 
 
 
377 aa  61.2  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.69 
 
 
418 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  24.55 
 
 
430 aa  60.5  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  22.78 
 
 
419 aa  60.8  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2197  histidyl-tRNA synthetase 2  32.85 
 
 
386 aa  59.7  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  24.27 
 
 
470 aa  59.7  0.00000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0712  histidyl-tRNA synthetase  21.02 
 
 
413 aa  58.9  0.0000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.666191  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0985  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.86 
 
 
404 aa  58.9  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0965259  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2297  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  28.24 
 
 
382 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0886  histidyl-tRNA synthetase 2  24.93 
 
 
404 aa  58.5  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.151754  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  22.29 
 
 
409 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1180  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  27.54 
 
 
382 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.869352  normal  0.414984 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  26.45 
 
 
401 aa  57.8  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  27.62 
 
 
346 aa  57.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.05 
 
 
429 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  23.72 
 
 
420 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1585  histidyl-tRNA synthetase  34.15 
 
 
410 aa  57.4  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1184  histidyl-tRNA synthetase  24.5 
 
 
429 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  27.39 
 
 
432 aa  56.6  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1211  histidyl-tRNA synthetase  24.58 
 
 
429 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0675  tRNA synthetase class II (G H P and S)  26.25 
 
 
387 aa  56.6  0.0000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  23.81 
 
 
444 aa  56.2  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.25 
 
 
445 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  23.99 
 
 
426 aa  55.8  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  31.25 
 
 
410 aa  55.5  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  26.2 
 
 
409 aa  55.8  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1100  histidyl-tRNA synthetase 2  27.25 
 
 
382 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 
434 aa  55.5  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1093  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.01 
 
 
389 aa  55.8  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.1 
 
 
395 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5010  tRNA synthetase class II (G H P and S)  27.09 
 
 
382 aa  54.7  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.1 
 
 
395 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2077  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.95 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1826  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.55 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.551052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5668  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.69 
 
 
394 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0863885  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  24.55 
 
 
387 aa  55.5  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2598  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  27.49 
 
 
392 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.632855 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6277  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.55 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1802  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.55 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184149  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.78 
 
 
395 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.19 
 
 
395 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3900  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.87 
 
 
401 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3380  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.7 
 
 
385 aa  54.3  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1605  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.12 
 
 
383 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344405  normal  0.350031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>