More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3394 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  100 
 
 		 309 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  87.09 
 
 		 302 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  63.84 
 
 		 325 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  58.67 
 
 		 313 aa  340  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  58.82 
 
 		 744 aa  335  5.999999999999999e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  57.89 
 
 		 729 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  54.85 
 
 		 333 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  55.18 
 
 		 328 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  54.49 
 
 		 328 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  54.15 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  53.82 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  54.24 
 
 		 323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.9 
 
 		 323 aa  312  3.9999999999999997e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  52.61 
 
 		 313 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  52.29 
 
 		 313 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  52.82 
 
 		 326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  53.38 
 
 		 327 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  55.15 
 
 		 312 aa  305  5.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  54.18 
 
 		 331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  51.3 
 
 		 319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  53.54 
 
 		 324 aa  297  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  52.17 
 
 		 317 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  50.83 
 
 		 329 aa  292  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  52.67 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  51.69 
 
 		 312 aa  289  5.0000000000000004e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.04 
 
 		 313 aa  287  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  51.52 
 
 		 315 aa  285  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  54.18 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  50.98 
 
 		 314 aa  280  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  40.34 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  42.23 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  42.86 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  39.06 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.69 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  39.73 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  40.88 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  43.71 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.22 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1854  pyruvate carboxyltransferase  41.96 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.41694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  38.74 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  43.23 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  43.15 
 
 		 327 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.53 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0312  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.64 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  40.2 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  41.1 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  42.61 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.28 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3515  pyruvate carboxyltransferase  41.2 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2776  pyruvate carboxyltransferase  41.11 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  41.25 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.43 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0343  pyruvate carboxyltransferase  38.31 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.47 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.62 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.19 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  40.21 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1975  pyruvate carboxyltransferase  41.11 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00960941  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  41.02 
 
 		 311 aa  192  9e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.18 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6411  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase  39.86 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565607 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0348  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  40.8 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2152  pyruvate carboxyltransferase  40.42 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  40.13 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.51 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0153  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  39.36 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1922  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.11 
 
 		 308 aa  188  9e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  37.58 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.72 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.92 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  37.92 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.72 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  38.38 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1800  pyruvate carboxyltransferase  40.14 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0874728 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.92 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  39.86 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  37.46 
 
 		 329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.2 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.52 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.56 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  39.73 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  39.8 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  39.8 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3824  pyruvate carboxyltransferase  38.73 
 
 		 302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2850  pyruvate carboxyltransferase  38.08 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  37.72 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  39.53 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.47 
 
 		 326 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.88 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2063  pyruvate carboxyltransferase  35.56 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.56 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.88 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.88 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2929  pyruvate carboxyltransferase  38.63 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0756431  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  37.28 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  39.08 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  36.92 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  38.73 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2390  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.48 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.369833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>