More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1609 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 217 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  90.78 
 
 		 217 aa  414  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.09 
 
 		 220 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.09 
 
 		 217 aa  357  7e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 221 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  79.09 
 
 		 219 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  80.19 
 
 		 235 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  65.35 
 
 		 192 aa  275  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  63.37 
 
 		 192 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.62 
 
 		 192 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  62.87 
 
 		 192 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  71.6 
 
 		 189 aa  261  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.65 
 
 		 204 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.91 
 
 		 201 aa  254  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.61 
 
 		 193 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  67.61 
 
 		 193 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  68.64 
 
 		 202 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  68.64 
 
 		 181 aa  250  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.02 
 
 		 192 aa  250  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 181 aa  250  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  67.05 
 
 		 193 aa  249  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.17 
 
 		 197 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  59.88 
 
 		 179 aa  224  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  62.79 
 
 		 189 aa  224  9e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.04 
 
 		 205 aa  189  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 		 199 aa  188  5.999999999999999e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.06 
 
 		 198 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.18 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.38 
 
 		 174 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.91 
 
 		 179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  36.08 
 
 		 204 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  35.67 
 
 		 173 aa  104  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 197 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.59 
 
 		 180 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.59 
 
 		 180 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  34.08 
 
 		 217 aa  95.1  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.93 
 
 		 180 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.27 
 
 		 267 aa  89  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.95 
 
 		 224 aa  88.6  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  31.64 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.28 
 
 		 242 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.67 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.93 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.87 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.61 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  33.76 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  26.67 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.41 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  30.32 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  31.17 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 67 aa  66.6  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  32.28 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 67 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  38.03 
 
 		 83 aa  62.8  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  40.91 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  40.91 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  38.81 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 		 72 aa  62  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 68 aa  62  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 		 68 aa  62  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 70 aa  62.4  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  37.31 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  40.3 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  37.31 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  37.31 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 68 aa  61.6  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  51.72 
 
 		 66 aa  60.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  39.06 
 
 		 67 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  37.31 
 
 		 69 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 		 69 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  40.3 
 
 		 69 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  39.39 
 
 		 68 aa  61.2  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>