More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4456 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  427  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 230 aa  202  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 245 aa  107  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  35.83 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 234 aa  102  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.23 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 229 aa  99.4  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  35.03 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 236 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 241 aa  97.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 229 aa  95.9  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 222 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  95.1  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 229 aa  94.7  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  31.5 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 232 aa  94.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  32.99 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  37.86 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 223 aa  92.8  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 222 aa  92.8  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 221 aa  92.4  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 213 aa  92.4  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 213 aa  92.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 251 aa  92.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 231 aa  91.7  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 239 aa  91.7  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 		 226 aa  91.3  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 219 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 219 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  35.71 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 265 aa  90.1  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  41.04 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 232 aa  89  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.82 
 
 		 237 aa  88.6  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 226 aa  88.6  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 223 aa  88.2  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 209 aa  88.2  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 233 aa  88.2  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  36.82 
 
 		 238 aa  88.2  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 248 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 228 aa  87.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 232 aa  86.7  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 229 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 229 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 223 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  32.81 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 262 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 242 aa  85.9  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  33.67 
 
 		 227 aa  85.5  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 230 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 267 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 222 aa  85.1  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 226 aa  85.1  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 222 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>