85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5209 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 148 aa  277  4e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  61.7 
 
 		 104 aa  98.6  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  56.25 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  55.96 
 
 		 108 aa  88.2  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  59.3 
 
 		 101 aa  88.2  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  57.95 
 
 		 119 aa  85.5  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  60.81 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.81 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  59.09 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  50.57 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 115 aa  72  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  49.4 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 228 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  48.19 
 
 		 119 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  54.32 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  45.68 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 260 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  47.3 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  52 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 116 aa  62  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 106 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  48.84 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  50.68 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 250 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  47.3 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  46.51 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  54.84 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  45.33 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  53.73 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  46.67 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  53.42 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  42.47 
 
 		 89 aa  58.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 245 aa  57.4  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  49.41 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  45.21 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  50.67 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 505 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 218 aa  48.1  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 211 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 252 aa  46.2  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17240  predicted transcriptional regulator  41.33 
 
 		 242 aa  45.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.928492 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 345 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5593  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  51.16 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  47.62 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 101 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  39.76 
 
 		 504 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 192 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 212 aa  42  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 		 255 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 198 aa  41.6  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 491 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 190 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 200 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  40.8  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 265 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 219 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 190 aa  40.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  30.86 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 274 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 184 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 205 aa  40  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  36.62 
 
 		 182 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>