More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3964 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3964  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 332 aa  653    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147565  normal  0.0529978 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3975  transcriptional regulator, LacI family  56.66 
 
 		 329 aa  361  9e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00653549  normal  0.0330479 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4767  transcriptional regulator, LacI family  42.2 
 
 		 330 aa  233  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  41.46 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 349 aa  199  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  39.14 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  43.36 
 
 		 338 aa  192  7e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 341 aa  189  8e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2567  transcriptional regulator, LacI family  40.87 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.789697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  40.73 
 
 		 348 aa  186  5e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  40.86 
 
 		 347 aa  186  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.17 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6090  transcriptional regulator, LacI family  40.95 
 
 		 347 aa  179  4e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3489  LacI family transcription regulator  36.65 
 
 		 338 aa  179  7e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.148473  normal  0.0487492 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3259  alanine racemase  36.96 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.884845  normal  0.842339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.8 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.95 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  36.67 
 
 		 337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.66 
 
 		 346 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.66 
 
 		 346 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.53 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  37.96 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 342 aa  169  6e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.45 
 
 		 340 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  36.97 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.45 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.13 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.21 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.55 
 
 		 338 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.09 
 
 		 343 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0995  transcriptional regulator, LacI family  39.76 
 
 		 349 aa  162  9e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  36.09 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  36.09 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  36.09 
 
 		 343 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.56 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.2 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0645227  normal  0.199823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5028  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 348 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.84 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.71 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 381 aa  159  5e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  29.52 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.02 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.55 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.33 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.33 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.99 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  34.04 
 
 		 351 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.35 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  31.12 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0565  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 357 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1432  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.629194 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  36.09 
 
 		 343 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 332 aa  156  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 336 aa  155  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 337 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 		 342 aa  155  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  28.97 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  30.4 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.73 
 
 		 336 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.31 
 
 		 356 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 346 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.97 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  33.66 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  28.14 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>