More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3975 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3975  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 329 aa  649    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00653549  normal  0.0330479 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3964  transcriptional regulator, LacI family  56.66 
 
 		 332 aa  354  8.999999999999999e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147565  normal  0.0529978 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4767  transcriptional regulator, LacI family  46.39 
 
 		 330 aa  278  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  43.12 
 
 		 341 aa  223  4e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  39.63 
 
 		 349 aa  220  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  42.47 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2567  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.789697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  40.56 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  42.46 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  40.36 
 
 		 349 aa  208  9e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6090  transcriptional regulator, LacI family  41.46 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 352 aa  182  7e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0995  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3489  LacI family transcription regulator  36.22 
 
 		 338 aa  176  4e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.148473  normal  0.0487492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.53 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0645227  normal  0.199823 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1432  transcriptional regulator, LacI family  37.96 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.629194 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 352 aa  173  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 340 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.52 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.24 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3259  alanine racemase  34.67 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.884845  normal  0.842339 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.84 
 
 		 333 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.35 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2268  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 338 aa  165  8e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  34.51 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.53 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.09 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.82 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 354 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 334 aa  159  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 353 aa  158  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 346 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  32.42 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 		 338 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  36.27 
 
 		 347 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 358 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.74 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 381 aa  155  7e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1374  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.74 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.15 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.44 
 
 		 340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0775  Alanine racemase  39.23 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.212824  hitchhiker  0.00169568 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.72 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5028  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  34.09 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.42 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.42 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.42 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 340 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  31.42 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  31.42 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  31.12 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 357 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  27.83 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  31.02 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.99 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29 
 
 		 342 aa  149  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.95 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  27.91 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.9 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4321  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794794  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.32 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  31.29 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>